中国人群非综合征型唇裂伴或不伴腭裂的单核苷酸多态性遗传度

摘要

目的：探索非综合征型唇裂伴或不伴腭裂(non-syndromic cleft lip with or without cleft palate, NSCL/P)全基因组常见遗传变异对NSCL/P风险的影响。方法：利用全基因组关联研究(genome-wide association study, GWAS)数据，以全基因组单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)遗传度和基因组不同分区SNP遗传度评估基因组上常见变异的效应。对GWAS汇总数据进行质量控制，标准包括数据中无缺失值、弱势等位基因频率≥1%、P值在0～1、SNP正负链明确等。利用连锁不平衡得分回归计算NSCL/P的SNP遗传度，采用分层的连锁不平衡得分回归计算基因组编码区、启动子区、内含子区、增强子区和超级增强子区的分区SNP遗传度，并评估不同分区内的富集度，分析工具为LDSC (v1.0.1)软件。结果：纳入中国人群806个NSCL/P核心家系(2 418人)的GWAS数据，490 593个SNP通过质量控制，被纳入到SNP遗传度的计算中。观测样本中NSCL/P的SNP遗传度为0.55(95%CI:0.28～0.82),由于观测样本患病率较高，按中国人群患病率转换为一般人群后SNP遗传度为0.37(95%CI:0.19～0.55)。SNP遗传度在增强子区的富集度为15.70(P=0.04),在超级增强子区的富集度为3.18(P=0.03)。结论：基因组常见变异有助于解释一部分中国人群NSCL/P目前未被解释的遗传度，同时中国人群NSCL/P的SNP遗传度在增强子分区和超级增强子分区中显著富集，提示该区域中可能存在未被发现的遗传致病因素。

关键词

非综合征型唇裂伴或不伴腭裂 / 单核苷酸多态性遗传度 / 核心家系