猪lncRNA LOC102157897表达、定位及其对PEDV复制的调控作用

摘要

猪流行性腹泻(porcine epidemic diarrhea,PED)是由猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)引起的高度传染性疾病,前期基于组学测序筛选出1个关键lncRNA (LOC102157897),有关其表达定位以及对PEDV复制的调控作用目前尚不清楚。首先在组织和细胞水平上测定PEDV感染前后LOC102157897的表达水平;其次利用lncLocator软件预测和核质分离试验分析其细胞定位情况,并验证其表达水平与PEDV复制的关系;最后利用转录组测序筛选其下游靶基因及信号通路。结果表明:PEDV感染可极显著提高猪空肠组织和IPEC-J2细胞中LOC102157897的表达水平;LOC102157897主要定位于细胞核中,这可能与其生物学功能有关;成功构建了LOC102157897干扰细胞系,且干扰后IPEC-J2细胞中PEDV复制水平呈极显著下降。表达水平下调有利于提高宿主细胞对PEDV感染的抵抗能力。转录组测序分析显示,LOC102157897干扰前后存在151个差异表达基因,主要参与病毒蛋白互作、趋化因子信号、白细胞受体互作、白细胞介素17信号等免疫通路,并根据功能注释和差异程度,筛选出2个组蛋白基因H2AC18和H3C14。综上,这一研究确定了1个PEDV抗性相关lncRNA分子LOC102157897,并初步探究了其功能和下游调控机制,为揭示lncRNA在PEDV感染宿主过程中的重要作用以及为今后制定PEDV的抗病育种工作策略和筛选分子标记物奠定基础。

关键词

猪 / 流行性腹泻病毒 / 长链非编码RNA / 表达调控