新型靶向αvβ6多肽的设计、合成与亲和力评价

李跃鹏; 王远强

doi:10.13413/j.cnki.jdxblxb.2023170

吉林大学学报(理学版) ›› 2024, Vol. 62 ›› Issue (01) : 181 -188. DOI: 10.13413/j.cnki.jdxblxb.2023170

新型靶向αvβ6多肽的设计、合成与亲和力评价

李跃鹏, 王远强

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摘要

通过计算机辅助药物设计策略及固相合成法设计并筛选具有全新结构的αvβ6多肽配体，并用酶联免疫吸附法(ELISA)测定多肽配体与αvβ6的结合亲和力，建立αvβ6多肽配体的筛选方案.首先用Sybyl-X 1.3对αvβ6多肽配体及天然配体进行分子对接；其次用Amber 16对分子对接结果进行分子动力学模拟，确定多肽配体与αvβ6蛋白之间的结合模式，并以RGDLXXL(X为任意氨基酸)为多肽配体核心结构，通过逐步延伸氨基酸构建虚拟肽库，筛选获得长度为7～10个氨基酸的多肽配体，进一步通过相似氨基酸替换的方法设计筛选不同于RGDLXXL核心的新的多肽配体；最后用固相合成法合成新设计的多肽配体，利用间接ELISA法测定多肽配体-αvβ6的结合亲和力.已有多肽配体和天然配体的分子对接以及分子动力学模拟结果表明，αvβ6与配体的结合主要通过Asp218和多肽配体之间形成氢键，以及Mg~(2+)和多肽配体形成金属螯合作用完成.结合虚拟组合筛选与相似氨基酸替换，发现GRTDLGTLLFR,GRRTDLATIHG,RTDVGRVRGRG和RGDVGRVGR等多肽均满足该结合模式，RTDVGRVRGRG与αvβ6的亲和力为10.76μmol/L.可见RTDVGRVRGRG与αvβ6亲和力良好，是一条全新的αvβ6多肽配体.