虾源肌球蛋白抗原表位的计算机辅助计算

摘要

利用在线软件和线下软件对来源于刀额新对虾(Metapenaeus ensis)的过敏原Met e1的B细胞抗原表位和T细胞抗原表位进行预测、筛选以及辅助计算.首先，通过uniprot蛋白数据库获取Met e1蛋白质氨基酸序列；其次，用ExPASY ProtParam, SignalP-5.0 Server和TMHMM Server v.2.0在线工具对Met e1的理化性质、信号肽与跨膜区域进行分析，用PSIPRED在线工具、 SOPMA在线工具和DNAstar软件联合预测计算Met e1二级结构，用Swiss model在线软件预测计算Met e1三级结构；再次，用DNAStar线下软件和IEDB在线软件综合预测计算线性B细胞表位，用IEDB在线软件预测计算CD4+T细胞表位和CD8+T细胞表位；最后将所得结果进行B细胞表位和T细胞表的筛选.结果表明：Met e1蛋白的B细胞表位为15～28, 45～49, 92～95, 125～130, 150～153, 255～258位氨基酸；T细胞表位为78～84, 223～232位氨基酸.

关键词

Met e1蛋白质 / B细胞表位 / T细胞表位 / 抗原表位筛选