通过生物信息学分析鉴定肾透明细胞癌中的候选核心基因及其与免疫细胞浸润的关系

摘要

目的:基于生物信息学分析技术筛选和鉴定肾透明细胞癌(ccRCC)中的核心基因，寻找有助于诊断ccRCC的新生物标志物和治疗靶点。方法:通过GEO2R工具获取3个数据集(包括GSE100666、GSE168845和GSE96574)中ccRCC组织和正常肾脏组织之间的差异表达基因(DEGs);使用DAVID在线工具对这3个数据集的交集DEGs进行GO和KEGG功能注释；应用STRING网站构建这些交集DEGs的蛋白质相互作用网络，并通过Cytoscape软件中的CytoHubba插件确定核心基因；利用Oncomine和TIMER 2.0数据库中的数据验证核心基因在ccRCC中的表达，使用GEPIA数据库分析核心基因与ccRCC患者生存期的关系，通过TIMER 2.0数据库分析核心基因与免疫细胞浸润的关系。结果:最终筛选出189个交集DEGs,它们涉及肿瘤生长调节等多种生物学功能和通路。其中10个DEGs被鉴定为核心基因，包括蛋白酪氨酸磷酸酶受体C型(PTPRC)、细胞毒性T淋巴细胞相关蛋白4(CTLA4)、C-C基序趋化因子受体5(CCR5)、C-X-C基序趋化因子配体9(CXCL9)、颗粒酶B(GZMB)、CD27、C-X-C基序趋化因子配体13(CXCL13)、吲哚胺2,3-双加氧酶1(IDO1)、淋巴细胞胞质蛋白2(LCP2)和钙敏感受体(CASR)。GEO数据集、Oncomine和TIMER数据库的表达分析结果均显示，与正常肾脏组织比较，CASR在ccRCC中的表达明显降低，而其他9个核心基因的表达明显增加。生存分析显示，CTLA4、CXCL13和CASR与ccRCC患者的总体生存期相关，CXCL13和CASR与ccRCC患者的无病生存期相关。TIMER 2.0结果表明，核心基因表达上调与ccRCC的免疫细胞浸润有关。结论:本研究鉴定了10个可能与ccRCC发病机制密切相关的核心基因，这些基因可能成为ccRCC新的诊断标志物和治疗靶点。

关键词

肾透明细胞癌 / 生物信息学分析 / 核心基因 / 生存期 / 免疫浸润

基金资助

镇江市重点研发计划社会发展项目(SH2022106)