蚕豆萎蔫病毒2根芹分离物全基因组测序与分析

摘要

[目的]获取蚕豆萎蔫病毒2(broad bean wilt virus 2,BBWV 2)内蒙古根芹（Apium graveolens var. rapaceum）分离物全基因组序列，并将该基因组序列与其它BBWV 2分离物基因组序列进行一致性、系统发育及重组等分析。[方法]以疑似感染病毒的根芹叶片样品为试验材料，利用NGS技术确定样品中感染病毒的种类，通过RT-PCR技术结合cDNA末端快速扩增技术（Rapid amplification of cDNA ends,RACE）验证病毒种类，使用VectorNTI、MEGA11、SDTV1.2以及RDP4等软件对克隆到的BBWV 2内蒙古根芹分离物20IM-ApGr进行全基因组序列分析。[结果]成功克隆了BBWV 2内蒙古根芹分离物20IM-ApGr两条RNA的完整序列；序列一致性分析结果显示，20IM-ApGr与其它分离物在Pro-RdRp区域和CPs区域的氨基酸序列一致率分别为85.2%～99.5%和82.8%～92.7%；基于BBWV 2基因组的Pro-RdRp区域和CPs区域所构建的系统发育树均可以将目前已知的BBWV 2分离物分为2个分支，其中本研究所获得的分离物均处于第II分支，并分别与中国辣椒分离物Hunan、XJ14-3亲缘关系最近。[结论]明确了造成根芹叶脉黄化以及叶片皱缩的病毒性病原为BBWV2，首次获得BBWV 2内蒙古根芹分离物的全基因组序列，并阐述了其与已知的BBWV 2分离物之间的进化关系，可为BBWV 2株系划分、遗传进化研究奠定理论基础。

关键词

根芹 / 蚕豆萎蔫病毒2号 / 序列一致性 / 系统发育分析