内蒙古自治区葡萄病毒RT-PCR检测及序列分析

摘要

[目的]明确内蒙古自治区葡萄产区病毒种类、检出率、发生特点和分类地位。[方法]2023年6月至10月，从呼和浩特市、包头市、鄂尔多斯市、巴彦淖尔市、乌海市、赤峰市以及通辽市采集69份葡萄样品，提取总RNA后通过RT-PCR进行带毒情况检测，检测为阳性的样品对目标片段进行回收、克隆和测序。对测序结果通过生物信息学软件进行核酸一致性分析和系统发育分析。[结果]检测的病毒共14种，其中9种在内蒙古发生，检出率从高到低分别为GFkV(68.10%)、GRSPaV(63.80%)、GLRaV-3(39.10%)、GPGV(23.20%)、GFabV(8.70%)、GINV(7.20%)、GVE(5.80%)、GLRaV-2(2.90%)和GVB(2.90%)。同一样品复合感染（≥2种病毒）现象普遍，在43个样品（62.3%）中发现复合侵染。GFkV核酸序列一致性分析结果显示，GFkV 29-2与GFkV 8-2的一致性最低为81.3%，系统发育树表明，GFkV 29-2与墨西哥的GFkV Vitis-TrPADL45(PQ473685)亲缘关系较近。GRSPaV核酸序列一致性分析结果显示，GRSPaV 31-1和GRSPaV 8-T的一致性最低为78.4%;GRSPaV 32-1和GRSPaV8-T的一致性最低为78.4%。系统发育树表明，内蒙古不同地区发现的GRSPaV和不同国家的GRSPaV聚集在一起，形成亲缘关系较近的分支，GRSPaV 31-1、GRSPaV 32-1与南非17-8548(MK077682)亲缘关系较近。[结论]本研究首次明确了内蒙古自治区葡萄产区病毒种类、检出率、发生特点及检出病毒的分类地位。研究结果为葡萄病毒病的绿色防控提供了数据基础，开发葡萄无病毒苗木是上述问题的有效解决手段。

关键词

内蒙古自治区 / 葡萄病毒 / RT-PCR / 系统发育分析

基金资助

内蒙古自治区科技计划项目（2022YFDZ0029）; 内蒙古自治区自然科学基金项目（2022QN03018,2023LHMS03020）