0 引 言
脯氨酸(proline,Pro)是蛋白质的重要成分,其手性特征使其金属配合物也具有手性。Pro有
S-Pro和
R-Pro两种构型,根据旋光作用分为左-脯氨酸(
L-Pro)和右-脯氨酸(
D-Pro)。
L-Pro在生命体内具有生物活性,有促进软骨修复和合成胶原蛋白的作用
[1],过量的
D-Pro会影响健康
[2]。
钙是生命体重要的宏量元素,以二价钙的形式存在,对形成骨骼、保证心脏规律跳动及协调酸碱平衡都有重要作用
[3~5]。人体吸收食物中的钙是通过钙离子在小肠与氨基酸螯合后,再被整体吸收
[6],因此,氨基酸钙用于补钙更易被生命体吸收,在临床、食品及畜牧业中已经被应用
[7]。
不同旋光性的手性分子对生命体作用迥异,氨基酸配合物,左旋体是优构体。因此,研究氨基酸及其金属配合物的旋光异构有重要意义。文献[
8,
9]对Pro旋光异构的研究表明,气相Pro不能消旋,水分子(簇)的催化可使其缓慢地消旋,碱性环境有利于Pro的消旋。文献[
10~
17]的研究表明,气相
α-丙氨酸(
α-Ala)与Fe
2+、Cu
2+、Mg
2+、Na
+等形成的配合物很难消旋,水汽环境下水分子(簇)对丙氨酸金属配合物的消旋反应有催化作用,可使其痕量地消旋。文献[
18]的理论研究表明,气相脯氨酸Ca
2+不能旋光异构,水分子(簇)的催化能使脯氨酸钙痕量地消旋。
生命体内分子的反应多数在水环境下进行。文献[
19~
21]的研究表明,水液相环境
α-Ala与Zn
2+、Fe
2+和Mg
2+的配合物只能痕量或微量地消旋,可安全地用于生命体同补
α-Ala与锌、铁、镁等。为了考察生命体同补脯氨酸和钙的安全性,本文研究了水液相环境的脯氨酸钙旋光异构。
1 模型选取及计算方法
计算表明,水液相下两性Pro比中性Pro与Ca
2+双齿配位构象稳定,前者相对后者的能量是-40.5 kJ/mol,后者向前者异构的能垒为36.5 kJ/mol。因此,将两性Pro与Ca
2+双齿配合物作为反应底物,讨论其旋光异构。在SMD
[22]/M06-2X
[23]/6-311+G(d, p)水平全优化单重态势能面上的驻点结构(自旋多重度测算表明,本研究体系在单重态最稳定),通过对过渡态
[24]虚频振动模式的分析及内禀反应坐标(IRC)计算
[25],对过渡态与稳定点的关联性给予确认。为计算出较精确的反应势能面,在SMD/ MN15
[26]/ 6-311++G(2df,pd)水平计算单点能,通过自由能热校正获得驻点的高水平自由能(自由能热校正在298.15 K及1个大气压下进行,总自由能是自由能热校正加上单点能)。
S-Pro与Ca
2+的配合物
S-Pro·Ca
2+记作
S-P,6个水分子与I1
a(b)(a和b通道的第一个中间体产物)的钙配位得到的配合物记作I1
a(b)←6H
2O,I1
a(b)←6H
2O再与纸面外(内)的二聚水氢键作用的络合物记作I1
a(b)←6H
2O·(H
2O)
2m(n)(配合物、络合物分子中的氢键用虚线表示,m和n分别表示2聚水(H
2O)
2在底物的前面和后面),其他体系标记法相似。计算采用Gaussian16程序
[27]完成。
2 结果与讨论
将文献[
18]的气相两性Pro与Ca
2+双齿配位构象作为初始猜测,优化的水液相环境脯氨酸钙手性对映体见
图1。分析
图1可知,
S-P向
R-P异构有多种途径:可先进行
α-H向羰基O迁移,然后分别进行质子从羰基O在纸面内向
α-C迁移(a通道)和氨基H在纸面内向
α-C迁移(b通道);也可先进行氨基H向羰基O迁移,然后进行
α-H以氨基N为桥迁移至
α-C的另一侧(c通道);还可先进行五元杂环在纸面内外侧翻转异构,然后进行质子迁移(d、e、f等通道)。计算表明,五元环翻转异构或先或后进行对质子迁移能垒影响很小,为节省篇幅,只考察先进行质子迁移的反应通道a、b和c。
对非质子转移反应,水分子(簇)与反应物的氢键作用对能垒影响不大,只需考虑隐性水溶剂效应(溶剂极性的作用)。对于质子迁移反应,水分子(簇)作为质子转移媒介可能会显著地改变反应能垒,水分子与Ca2+配位也可能会影响反应能垒,因此,研究质子转移要兼顾溶剂极性和水分子(簇)的共同作用,即显性水溶剂效应。为清晰地呈现水液相环境S-P向R-P异构的历程,得到水分子(簇)所起的作用及S-P向R-P异构的清晰路径,先讨论隐性水溶剂效应下S-P的旋光异构,然后再讨论显性水溶剂效应下S-P向R-P异构。
2.1 隐性溶剂效应下S-P的旋光异构
S-P旋光异构的历程见
图2和
图3,反应的势能面见
图4。a、b通道具有共同的第1和第2基元反应,放在同一节讨论,而后讨论c通道。
2.1.1 a、b通道的旋光异构
共用的基元反应:
第1基元:反应底物
S-P经9H从1C向8O迁移的过渡态T1
a(b),异构到第1中间体I1
a(b)。从
S-P到T1
a(b),1C—9H键从0.108 8 nm拉伸至0.148 9 nm,断裂,二面角2N—1C—5C—6C从117.9°变为120.7°。这些变化使T1
a(b)产生了255.5 kJ/mol的内禀能垒。该能垒低于气相反应该基元的能垒279.4 kJ/mol
[18],原因是水溶剂的作用使
S-P异构到T1
a(b)过程中,C—H键的拉伸幅度及骨架形变减小(气相C—H键拉伸0.042 5 nm,骨架形变是14.8°
[18])所导致。
第2基元:I1a(b)经五元环的亚甲基14H—4C—15H翻转异构的过渡态T2a(b),异构到第2中间体I2a(b)。从I1a(b)到T2a(b),二面角4C—3C—2N—1C从-30.1°变为-21.9°,二面角较小的形变需要很少的能量,T2a(b)产生的内禀能垒仅8.8 kJ/mol。
接下来的反应历程为a、b通道专属的基元反应。
2.1.1.1 a通道专属基元反应
第3基元:I2
a(b)经和T1
a(b)镜像对称的过渡态T3
a,异构成
R-Pro与钙的配合物
R-P
a。至此,
S-P在a通道实现旋光异构。结构分析表明,
R-P
a是
S-P的手性对映体。从I2
a(b)到T3
a,8O—9H键从0.096 6 nm拉伸至0.120 9 nm,断裂,T3
a产生的内禀能垒为144.3 kJ/mol。该能垒比T2
a(b)产生的内禀能垒低很多,原因有两个:一是此基元O—H键的拉伸比第2基元C—H键的拉伸幅度小很多;二是从I2
a(b)到T3
a过程,1C从sp
2杂化向sp
3杂化过渡,体系释放能量。与气相的此基元反应(能垒为181.6 kJ/mol
[18])比较可知,水溶剂对此基元反应起催化作用,其原因是,与文献[
18]比较,水溶剂效应使从I2
a(b)到T3
a过程的O—H键拉伸幅度减小了。
2.1.1.2 b通道专属反应
第3基元:I2
a(b)经11H在纸面内侧从2N向1C迁移的过渡态T3
b,异构成
R-I3
b,
S-P在b通道实现旋光异构。从I2
a(b)到T3
b,2N—11H键从0.102 3拉伸至0.123 6 nm,断裂,T3
b产生的内禀能垒为158.5 kJ/mol。这与气相下此基元的内禀能垒224.0 kJ/mol
[18]相比显著降低,说明水溶剂对此基元有催化作用。原因之一是水溶剂效应使从I2
a(b)到T3
b过程的2N—11H的拉伸幅度减小许多,原因之二是I2
a(b)的偶极矩(19.528)小于T3
b的偶极矩(23.556),极性水溶剂的作用使T3
b变得相对稳定。
第4基元:R-I3b经6C—1C右视逆时针旋转的过渡态R-T4b,异构成R-I4b。从R-I3b到R-T4b,二面角7O—6C—1C—2N从8.6°增加至104.5°,化学键内旋转所需能量很少,R-T4b产生的内禀能垒为16.9 kJ/mol。
第5基元:R-I4b经9H从8O向2N迁移的过渡态R-T5b,异构成与S-P镜像对称的产物R-Pb。从R-I4b到R-T5b,8O—9H键从0.097 3 nm拉伸至0.126 4 nm,断裂,R-T5b产生的内禀能垒为46.4 kJ/mol。此基元与a通道第3基元O—H键拉伸幅度基本相同,但此基元的能垒却低很多,原因是此基元的质子迁移方向是逆偶极矩方向,体系的电场力对质子迁移做正功。
2.1.2 c通道的旋光异构
第1基元:S-P经11H从2N向7O迁移的过渡态S-T1c,异构成第1中间体S-I1c。从S-P到S-T1c,2N—11H键从0.102 9 nm拉伸至0.138 3 nm,断裂,S-T1c产生了30.1 kJ/mol的内禀能垒。
第2基元:S-I1c经7O—6C俯视逆(或顺)时针内旋转的过渡态S-T2mc或S-T2nc(m和n分别表示11H在纸面外和纸面内从羧基外侧旋转到内侧),异构到第2中间体S-I2c。从S-I1c到S-T2mc,二面角11H—7O—6C—1C从0.2°增加至98.0°,化学键内旋转所需能量不多,S-T2mc产生的内禀能垒为58.9 kJ/mol。与之相似,S-T2nc产生的内禀能垒为59.3 kJ/mol。
第3基元:S-I2c经亚氨基翻转的过渡态S-T3c,10H从纸面外翻转到纸面内侧,异构成S-I3c,从S-I2c到S-T3c,二面角10H—2N—3C—1C从-113.1°变为-179.1°,非骨架形变所需能量很少,S-T3c产生的内禀能垒仅9.5 kJ/mol。
第4基元:S-I3c经9H从1C向2N迁移的过渡态T4c,异构成I4c。从S-I3c到T4c,1C—9H键从0.109 1 nm拉伸至0.129 6 nm,断裂,二面角2N—1C—5C—6C从123.1°变为143.9°。这些变化使T4c产生了221.4 kJ/mol的内禀能垒。该基元能垒小于a通道第1基元的能垒,原因是此基元中间体反应物到过渡态1C—9H键的拉伸幅度小。
第5基元:I4c经与a通道第2基元相似的过渡态T5c,亚甲基14H—4C—15H翻转异构,得到第5中间体I5c。从I4c到T5c,二面角4C—3C—2N—1C从-32.5°变为-22.1°,T5c产生的内禀能垒为15.3 kJ/mol。结构分析表明,此基元实现了I4c的镜像对称异构。
下面的基元反应与前面的基元反应关于T5c镜像对称,只做简单讨论。
第6基元:该基元与第4基元对称,I5c经10H从2N向1C迁移的过渡态T6c,异构到第6中间体R-I6c。至此,S-P实现了旋光异构。从I5c到T6c,2N—10H键从0.102 3拉伸至0.123 3 nm,断裂,T6c产生的内禀能垒为162.4 kJ/mol。
第7基元:该基元与第3基元对称,R-I6c经亚氨基翻转的过渡态R-T7c,9H从纸面外翻转到纸面内侧,异构成中间体R-I7c,R-T7c产生的内禀能垒为7.5 kJ/mol。
第8基元:该基元与第2基元对称,R-I7c经7O—6C内旋转的过渡态R-T8mc(或R-T8nc),异构到中间体R-I8c。R-T8mc产生的内禀能垒为38.3 kJ/mol,R-T8nc产生的内禀能垒为38.7 kJ/mol。
第9基元:该基元与第1基元对称,R-I8c经11H从7O向2N迁移的过渡态R-T9c,异构到产物配合物R-Pc。至此,S-P实现了手性对映体转变。R-T9c产生的内禀能垒为3.4 kJ/mol,远小于第一基元的S-P经11H从2N向7O迁移的过渡态S-T1c产生的能垒,原因是此基元的质子是逆偶极矩方向迁移,体系的电场力助力了质子的迁移。
从
图4可以看出,
S-P在c通道旋光异构具有优势,在a和b通道旋光异构处于劣势。比较而言,b通道比a通道第2决速步能垒高,最具劣势。优势通道的决速步能垒为221.4 kJ/mol,来自过渡态T4
c,该能垒远高于反应的极限能垒167.0 kJ/mol
[28],说明隐性溶剂效应下
S-P旋光异构反应不能发生。由于能垒小于40.0 kJ/mol时反应可通过分子间的碰撞实现
[28],说明水液相下反应物是
S-P和
S-I1
c共存,前者分布高;产物是
R-I8
c和
R-P
c共存,后者分布高。
图4结合
图3可以看出,a和c通道展现了手性对映体转变的内在与外在美。
2.2 显性溶剂效应下S-P的旋光异构
水分子与底物的配位键强于氢键,水分子要先与Ca2+配位饱和,然后再与底物氢键作用。Ca2+的配位数最多是8,底物的Ca2+已与羰基O二配位,再与Ca2+配位的水分子数是6。计算表明,质子在α-C、羰基O或氨基N间迁移,二聚水和三聚水的催化作用相差很小,它们的催化作用远大于单个水分子,因此,仅讨论2个水分子簇作为H迁移媒介的情况。对于质子在氨基N和羰基O间的迁移,由于空间的限制,二聚水和三聚水作媒介,反应能垒会急剧升高,因此,仅讨论没有水分子和单个水分子作媒介的情况。对于五元环的异构,仅讨论水分子与Ca2+配位的情况。篇幅所限,对S-P在a通道旋光异构的完整过程进行讨论,在b和c通道的旋光异构仅讨论质子转移过程。
2.2.1 显性溶剂效应下S-P在a和b通道的旋光异构
水分子(簇)作用下,
S-P在a和b通道旋光异构共同的基元反应及a通道专属基元反应历程见
图5,b通道第3基元反应历程见
图6,反应的自由能势能面见
图7。
2.2.1.1 a通道
第1基元:
S-P与6个水分子配位,二聚水在纸面外再与其
α-C和8O氢键作用,得到反应物
S-P
a(b)←6H
2O·(H
2O)
2m,经二聚水做质子转移媒介的过渡态T1_1
a(b)←6H
2O·(H
2O)
2m,实现了质子从1C向8O的净迁移,异构成I1_1
a(b)←6H
2O·(H
2O)
2m。从
S-P
a(b)←6H
2O·(H
2O)
2m到T1
a(b)←6H
2O·(H
2O)
2m,1C—9H键从0.108 9 nm拉伸至0.135 3 nm,断裂、37O—39H和40O—42H分别从0.097 6和0.097 9 nm拉伸断裂;二面角2N—1C—5C—6C从117.2°增加至119.9°。3个化学键的拉伸断裂需一定的能量,T1
a(b)←6H
2O·(H
2O)
2m产生的内禀能垒为139.3 kJ/mol。对比水汽相此基元反应能垒149.1 kJ/mol
[18],该能垒略有降低,说明水溶剂起到了较弱的催化作用。与前文T1
a(b)产生的内禀能垒255.5 kJ/mol相比较可知,水分子簇对此基元有较好的催化作用。其原因是T1
a(b)←6H
2O·(H
2O)
2m的八元环存在较强的氢键且共面程度较好,导致八元环过渡态T1
a(b)←6H
2O·(H
2O)
2m相对稳定。
第2基元:I1
a(b)←6H
2O经五元环异构的过渡态T2
a(b)←6H
2O,二面角4C—3C—2N—1C从-30.7°变为30.7°,异构成I2
a(b)←6H
2O。从I1
a(b)←6H
2O到T2
a(b)←6H
2O,4C—3C—2N—1C从-30.7°增加至0.1°,T2
a(b)←6H
2O产生的内禀能垒10.6 kJ/mol,与T2
a(b)产生的内禀能垒8.8 kJ/mol相差不多,说明水分子与Ca
2+的配位对
R-基形变能垒的影响不大。与文献[
19]比较可知,水溶剂对此基元反应基本无催化作用,原因是I1
a(b)←6H
2O和T2
a(b)←6H
2O的偶极矩基本相同,极性水溶剂效应不明显。
第3基元,I2a←6H2O的1C、42H和32H与二聚水氢键作用,形成的中间体I2a←6H2O·(H2O)2n,经二聚水作质子转移媒介的过渡态T3a←6H2O·(H2O)2n,实现了质子在纸面里从8O向1C的净迁移,异构成产物R-Pa←6H2O·(H2O)2n,实现旋光异构。从I2a←6H2O·(H2O)2n到T3a←6H2O·(H2O)2n,8O—42H、40O—39H和37O—9H键长分别从0.098 5、0.097 3 和0.097 6 nm拉伸至0.102 2、0.101 0和0.126 1 nm。这些变化使T3a←6H2O·(H2O)2n产生了32.2 kJ/mol的内禀能垒。
结构分析表明,显性溶剂效应下,S-P在a通道的驻点构象关于T2a(b)←6H2O镜像对称。
2.2.1.2 b通道
第3基元:I2_1b与6个水分子配位,二聚水与其α-C和氨基氮2N氢键作用,得到反应物复合物I2b←6H2O·(H2O)2n,再经二聚水做质子转移媒介的过渡态T3b←6H2O·(H2O)2n,实现质子从1C向2N的净迁移,异构成中间体R-I3b←6H2O·(H2O)2n。从I2b←6H2O·(H2O)2n到T3b←6H2O·(H2O)2n,2N—11H、37O—39H和40O—41H键长分别从0.103 1、0.097 2和0.097 0 nm拉伸至0.167 0、0.143 8和0.109 2 nm。3个化学键的拉伸、断裂使T3b←6H2O·(H2O)2n产生了100.9 kJ/mol的内禀能垒。与前文T3b产生的158.5 kJ/mol的内禀能垒相比,水分子簇对此基元有较好的催化作用。
从
图7可以看出,水分子(簇)作用下
S-P在a、b通道旋光异构决速步的能垒为139.3 kJ/mol,远高于温和反应能垒80.0 kJ/mol
[28],说明显性溶剂效应下
S-P在a通道的旋光异构只能缓慢进行。
2.2.2 显性溶剂效应下S-P在c通道的质子迁移反应
显性溶剂效应下
S-P在c通道的质子迁移反应是第1、4、6和9基元,根据计算,与隐性溶剂效应的情况相似,第6和第9基元分别与第4和第1基元镜像对称。为节省篇幅,此处仅讨论第1和4基元,反应历程见
图8,反应的势能面见
图9。
2.2.2.1 第1基元
第1基元反应分单质子迁移和水分子作媒介的质子迁移两种情形讨论。
1) 单质子迁移。S-Pc←6H2O经11H从2N向7O迁移的过渡态S-T1c←6H2O,异构成S-I1c←6H2O。从S-Pc←6H2O到S-T1c←6H2O,2N—11H键从0.103 4 nm拉伸至0.140 1 nm,断裂,产生了4.1 kJ/mol的内禀能垒。此能垒与没有水分子与Ca2+配位时S-T1c的能垒30.1 kJ/mol相比大幅降低,说明水分子与Ca2+配位对此基元反应起到了极好的催化作用。原因是水分子的配位使S-Pc中2N—11H的伸缩振动频率从3 383.5 cm-1红移至3 295.5 cm-1,2N—11H键被很好地活化。
2) 水分子作媒介的质子迁移。
S-P
c←6H
2O·H
2O经双质子迁移的过渡态
S-T1
c←6H
2O·H
2O,实现了质子从5N向15O的净迁移,异构成
S-I1
c←6H
2O·H
2O。从
S-P
c←6H
2O·H
2O到
S-T1
c←6H
2O·H
2O,2N—11H和37O—39H分别从0.102 7和0.097 2 nm拉伸至0.143 6和0.119 8 nm,断裂,产生了58.5 kJ/mol的内禀能垒。此能垒与单质子迁移时
S-T1
c←6H
2O产生的能垒4.1 kJ/mol相比较极显著地增加,说明水分子做质子转移媒介对此基元反应有显著的负催化作用。原因是水分子与
S-P
c←6H
2O氨基N的氢键作用使2N—11H的伸缩振动频率从3 295.5 cm
-1蓝移至3 416.7 cm
-1,严重钝化了2N—11H键。58.5 kJ/mol的能垒小于温和反应能垒80.0 kJ/mol
[28]许多,说明此基元反应容易进行。
计算表明,S-Pc←6H2O·H2O中H2O与S-Pc←6H2O的氢键能是12.4 kJ/mol,H2O很容易通过碰撞过程从S-Pc←6H2O·H2O分子上解离,形成S-Pc←6H2O。因此,S-Pc←6H2O经S-T1c←6H2O异构成S-I1c←6H2O的单质子迁移过程占绝对优势。
2.2.2.2 第4基元
S-I3c是Ca与1个O配位,再与7个H2O配位形成S-I3c←7H2O,Ca3+满配后,(H2O)2再与α-H和N氢键作用,(H2O)2和与Ca配位的H2O形成稳定的氢键网络,得到中间体反应物S-I3c←7H2O·(H2O)2m。S-I3c←7H2O·(H2O)2m经3质子协同非同步迁移的过渡态T4c←7H2O·(H2O)2m,实现了H从α-C向N净迁移,异构成I4c←7H2O·(H2O)2m。从S-I3c←7H2O·(H2O)2m到T4c←7H2O·(H2O)2m,1C—9H从0.109 3 nm拉伸至0.132 3 nm,40O—41H和43O—45H键断裂,水分子间的部分氢键断裂,这些变化使T4c←7H2O·(H2O)2m产生了131.2 kJ/mol的内禀能垒。该能垒与T4c产生的内禀能垒221.4 kJ/mol相比显著下降,说明水分子(簇)的作用对此基元反应有极好的催化作用。
第6与第4基元镜像对称,第6基元正反应的能垒与第4基元负反应的能垒相同,为59.3 kJ/mol。第9与第1基元镜像对称,第9基元正反应能垒与第1基元负反应的能垒相同,为0.9 kJ/mol。结合
图9可知,水分子(簇)作用下
S-P在c通道旋光异构决速步的能垒为131.2 kJ/mol,远高于温和反应能垒80.0 kJ/mol
[28],说明显性溶剂效应下
S-P在c通道的旋光异构只能缓慢进行。结合
图7和
图9可知,显性溶剂效应下
S-P在c通道的旋光异构只有微弱的优势。
3 结 论
本文在SMD/MN15/6-311++G(2df,pd)//SMD/M06-2X/6-311+G(d,p)双水平,研究了Ca2+与两性Pro分子配合物在水液相环境的旋光异构,得到如下结论:1) 隐性溶剂效应下,以氨基N为H迁移桥梁的c通道具有优势,决速步能垒为221.4 kJ/mol;以羰基O为H迁移媒介的a通道以及α-C迁移至羰基O后,氨基N上的H再向α-C迁移的b通道处于劣势,决速步能垒为255.5 kJ/mol;2) 显性溶剂效应下c通道略具优势,决速步能垒降至131.2 kJ/mol;a和b通道略处于劣势,决速步能垒降到139.3 kJ/mol;3) 水分子(簇)对H迁移反应有正催化作用或有负催化作用。上述结果表明,脯氨酸钙在水液相环境消旋很缓慢,其用于生命体同补脯氨酸和钙具有较好的安全性。
吉林省教育厅科学研究规划项目(JJKH20200002KJ)
吉林省大学生创新项目(202010206066)
吉林省自然科学基金(20130101131JC)