金定鸭与台湾褐色菜鸭遗传差异全基因组选择信号分析

摘要

【目的】对金定鸭与台湾褐色菜鸭进行选择信号分析，挖掘这2个蛋鸭品种在长期进化过程中受到强烈选择的重要经济性状相关候选基因，为揭示优异性状形成的遗传差异奠定基础。【方法】选取金定鸭和台湾褐色菜鸭各30只进行全基因组重测序，经过滤获取高质量单核苷酸多态性位点(SNPs)后，对其进行主成分分析(PCA),确定其遗传分化情况；然后采用群体遗传分化指数(Fst)和群体核酸多样性比值(πratio)2种方法综合筛选金定鸭和台湾褐色菜鸭的受选择信号，分析其遗传差异。【结果】金定鸭和台湾褐色菜鸭重测序分别获得5.68和5.59 Gb高质量数据，分别检测到152 238 286和155 009 562个SNPs,其SNP位点分布相似。主成分分析结果显示，金定鸭和台湾褐色菜鸭显著分化；以100 kb为窗口、10 kb为步长分别计算Fst与πratio值，将Fst top 5%(Fst>0.482)与πratio top 5%&bottom 5%(0<πratio≤0.47&πratio≥3.00)作为信号重叠区域，共注释到208个候选基因。对这208个候选基因进行GO与KEGG富集分析，发现金定鸭在免疫、脂质代谢、肌肉生长发育等方面受到更强烈的选择，筛选到IL15、CCL3、CD180、AKT1、PPARGC1A、PRKAA1、FASN、PIK3R1等功能基因。【结论】金定鸭和台湾褐色菜鸭显著分化，金定鸭在免疫、脂质代谢、肌肉生长发育等方面受到强烈选择。

关键词

金定鸭 / 台湾褐色菜鸭 / 全基因组重测序 / 选择信号 / 候选基因