牛原代成肌细胞基因组超级增强子分析

摘要

【目的】解析牛肌肉发育过程中超级增强子、潜在靶基因及转录因子的调控机制。【方法】利用牛原代成肌细胞H3K27ac和H3K4me1 2种组蛋白修饰的ChIC-seq数据,分析和鉴定牛原代成肌细胞基因组超级增强子。利用ROSE软件注释超级增强子的靶基因,并对其进行GO和KEGG分析。对超级增强子区域进行基序富集分析。【结果】利用H3K27ac标记鉴定得到295个超级增强子,利用H3K4me1标记鉴定出362个超级增强子,其中二者共有超级增强子为143个。GO和KEGG分析表明,共有超级增强子调控的潜在靶基因主要富集在黏着斑、PI3KAkt和病毒感染等信号通路,这些通路在调控成肌细胞增殖、分化和肌纤维形成中发挥着关键作用。对共有超级增强子区域进行基序富集分析,筛选并确定了MYB70和HLF等肌肉发育关键转录因子。【结论】利用2种组蛋白修饰筛选并鉴定出牛原代成肌细胞基因组内的超级增强子,为解析牛肌肉发育过程中超级增强子的结构、功能及调控机制提供了理论基础。

关键词

牛原代成肌细胞 / H3K27ac / H3K4me1 / 超级增强子