甘肃高山细毛羊桥粒蛋白家族4基因单核苷酸多态性与羊毛性状的关联分析

摘要

【目的】探究桥粒蛋白家族4(desmoglein 4,DSG4)基因的组织表达谱及其单核苷酸多态性与羊毛性状的关系。【方法】采集成年甘肃高山细毛羊的心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、背最长肌及1,30,60,90,180和270日龄体侧部皮肤组织,以β-actin基因为内参基因,采用实时荧光定量PCR法(RT-q PCR)检测DSG4的表达谱。采集甘肃高山细毛羊体侧部羊毛样品及血样,测定羊毛性状指标(平均纤维直径、平均纤维长度、平均纤维曲度、舒适指数、平均纤维强度、纤维直径标准差及纤维直径变异系数);提取血液全基因组的DNA,PCR扩增DSG4基因第9,11,12外显子及其上下游各150 bp的序列,测序后分析单核苷酸(SNP)多态性,并分析其SNP多态性与羊毛性状的相关性。【结果】DSG4基因在皮肤中高表达,在其他6种组织中几乎不表达;随着试验羊日龄的增加,皮肤组织中DSG4基因表达量呈先上升后下降的趋势,在90和180日龄时表达量较高,显著高于其他日龄。测序分析发现了g.30346351 G>A、g.30346381 T>C、g.30346414 G>T、g.30347673 G>C和g.30353299 G>A等5个SNPs,其中g.30346351 G>A、g.30346381 T>C和g.30346414 G>T位点位于外显子9中,g.30347673 G>C位点位于外显子9下游150 bp序列内,g.30353299 G>A位点位于外显子12中。每个SNP位点均有3种基因型,均属于中度多态,且均处于哈代-温伯格平衡状态(P>0.05)。5个SNPs位点中,g.30346351 G>A及g.30353299 G>A分别与羊毛纤维直径变异系数和平均纤维长度显著相关(P<0.05)。【结论】DSG4基因对甘肃高山细毛羊羊毛平均纤维长度存在显著影响,可以将其SNPs位点作为该品种毛用性状选育的遗传分子标记。

关键词

甘肃高山细毛羊 / DSG4基因 / 单核苷酸多态性 / 基因组织表达 / 羊毛性状