尼润潜隐病毒内蒙古分离物全基因组序列扩增及遗传多样性分析

摘要

【目的】明确引起呼和浩特市庭院及包头市农牧科学研究所朱顶红育种基地朱顶红(Hippeastrum rutilum)叶片褪绿及花叶病的病毒种类,扩增其全基因组序列并分析其遗传多样性。【方法】以2023年5月从内蒙古自治区呼和浩特市庭院和包头市农牧科学研究所朱顶红育种基地采集的320份疑似感染病毒的朱顶红叶片为试验材料,通过高通量测序(HTS)技术明确造成该病害的病毒性病原为尼润潜隐病毒(nerine latent virus,NeLV),通过RT-PCR技术和cDNA末端快速扩增(RACE)技术获得NeLV的全基因组序列,并将其命名为23-HiRu1。利用SDTv1.3软件、MEGA 11.0软件中的最大似然法以及RDP4和DnaSP软件对其进行序列一致性、系统发育、重组分析以及遗传多样性分析。【结果】23-HiRu1基因组全长为8 270 nt(Gen Bank登录号:PQ261105),编码6个开放阅读框(ORFs),与已报道的NeLV基因组特征一致。该分离物与已报道的NeLV分离物全基因组核苷酸序列一致性为75.4%～97.9%,CP基因核苷酸和氨基酸一致性分别为78.3%～98.2%和90.2%～99.7%,符合ICTV对香石竹潜隐病毒属(Carlavirus)种的划分标准。系统发育分析结果显示,NeLV各分离物可划分为2个亚群,其中本研究所获的分离物23-HiRu1在GroupⅠ中,且23-HiRu1与南非共和国朱顶红分离物Amaryllis-1 isolate 19-3029亲缘关系最近。遗传多样性分析结果表明,NeLV具有较高的遗传多样性,整体受到了负选择压力,地理特异性明显,未发现重组事件。【结论】引起内蒙古朱顶红叶片褪绿和花叶病的病原为尼润潜隐病毒(NeLV),其与南非共和国朱顶红分离物Amaryllis-1 isolate 19-3029的亲缘关系最近;NeLV具有较高遗传多样性,受较强负选择压力,地理特异性明显,未发现重组事件。该结果为NeLV的分子特征和遗传进化研究提供了重要依据。

关键词

尼润潜隐病毒 / 朱顶红 / 全基因组序列 / 系统发育分析 / 遗传多样性分析