余甘子转录组与SSR信息分析及分子标记开发

摘要

【目的】明确余甘子转录组SSR位点的分布特征,开发余甘子SSR分子标记技术,为余甘子的亲缘关系鉴定、遗传育种和创新利用提供理论依据。【方法】以6份表型差异较大的余甘子叶片为材料,通过高通量测序技术获得余甘子叶非参转录组数据,分析其转录组和SSR位点分布特征,设计SSR引物并进行有效性和多态性筛选,最终开发余甘子SSR分子标记技术。【结果】余甘子叶转录组测序共获得65 074条基因,平均长度为1 064 bp,71.77%的基因成功获得功能注释;所有基因中共获得18 245个SSR位点,发生频率为21.68%,含有192种重复基元,其中A/T重复基元数目最多;多态性SSR位点共2 714个,占比为14.88%,表明SSR位点可用于遗传多样性分析的潜力较大。对18 245个含有SSR位点的基因进行SSR引物设计,共设计出12 488对SSR引物,成功率为73.88%,其中7 602对引物的重复基元为单核苷酸,占比为60.87%。随机挑选154对引物进行SSR位点有效性和多态性分析,筛选出10对扩增条带清晰且多态性较好的SSR引物,这10对SSR引物重复基元分别为二核苷酸7个,三核苷酸1个和五核苷酸2个,扩增产物大小为127～270 bp,平均为220.5 bp。【结论】多态性SSR位点用于余甘子遗传多样性分析的潜力较大,筛选出10对扩增条带清晰且多态性较好的SSR引物。

关键词

余甘子 / 转录组 / SSR / 引物筛选 / 分子标记