膀胱癌是泌尿生殖系统最常见的恶性肿瘤,其发病率在人类癌症中排名第9
[1]。目前,手术、化学治疗和放射治疗是其最常见的治疗方法
[2-3]。辅助化学治疗常用于高危膀胱癌患者,但约30%的患者在根治性膀胱切除术后出现并发症,无法接受该治疗
[2, 4]。因此,深入探究调控膀胱癌进展的分子机制及新的生物靶点至关重要。
N
6-甲基腺苷(N
6-methyladenosine,m
6A)是哺乳动物细胞中最常见的核糖核酸(ribonucleic acid,RNA)修饰,影响RNA剪接、核输出、定位、翻译和降解。m
6A修饰过程由甲基转移酶复合物催化、去甲基化酶去除,同时m
6A修饰位点的识别由阅读器蛋白执行
[5]。异常的m
6A修饰与多种恶性肿瘤进展有关
[6]。例如,甲基转移酶样蛋白14(methyltransferase like protein 14,METTL14)介导长链非编码RNA D4Z4结合元件转录本(long non-coding RNA D4Z4 binding element transcript,lncDBET)的m
6A修饰,上调lncDBET可促进膀胱癌的进展
[7]。YTH N
6-甲基腺嘌呤RNA结合蛋白F2(YTH N
6-methyladenosine RNA binding protein F2,YTHDF2)作为m
6A修饰阅读器蛋白之一,在膀胱癌中扮演重要角色。Zhang等
[8]发现YTHDF2在膀胱癌中上调,并通过抑制RIG-I促进免疫逃避,进而加快膀胱癌发展。METTL3/YTHDF2 m
6A轴通过下调
SETD7和
KLF4促进膀胱癌发生
[9]。上述研究表明YTHDF2可以促进膀胱癌的发生和发展。此外,YTHDF2还可以通过与下游靶基因的mRNA结合影响其稳定性。例如,在前列腺癌中YTHDF2直接结合到
LHPP和
NKX3-1的m
6A修饰位点介导mRNA降解
[10]。然而,YTHDF2在膀胱癌中的下游调控机制还需深入探究。
周期昼夜节律调节器1(period circadian regulator 1,PER1)作为常见的肿瘤抑制因子,主要通过抑制细胞周期(主要是G
2期)发挥抑制肿瘤的作用。在黑色素瘤研究中,YTHDF2通过m
6A修饰调节PER1促进肿瘤发展
[11]。然而,YTHDF2-PER1轴在膀胱癌中的研究较少。
糖基化是重要的翻译后修饰环节,对蛋白质的功能、亚细胞定位等特性产生深远影响。O-连接
N-乙酰氨基葡萄糖(O-linked
N-acetylglucosamine, O-GlcNAc)糖基化是一种较为常见的糖基化类型,主要是通过O-GlcNAc糖基转移酶(O-GlcNAc transferase,OGT)将供体尿苷5’-二磷酸-N-乙酰基葡萄糖(uridine diphosphate
N-acetylglucosamine,UDP-GlcNAc)的GlcNAc转移到目的蛋白质的丝氨酸和苏氨酸残基的羟基上,氧连接
N-乙酰氨基葡萄糖糖苷酶(O-linked
N-acetylglucosamine hydrolase,OGA)负责将GlcNAc移除
[12]。越来越多的证据表明O-GlcNAc糖基化的异常与肿瘤的发展有关,Yu等
[13]发现OGT介导酪蛋白激酶2α1(casein kinase 2 alpha 1,CSNK2A1)的O-GlcNAc修饰,促进结直肠癌进展。O-GlcNAc修饰在膀胱癌中表达显著升高,而升高的糖基化水平抑制自噬,促进肿瘤细胞增殖
[14]。褪黑激素通过抑制细胞周期蛋白依赖性样激酶5的O-GlcNAc修饰来减少膀胱癌细胞的增殖并促进细胞凋亡
[15]。值得注意的是,在肝癌中,YTHDF2蛋白第263位丝氨酸(Ser263)易发生O-GlcNac糖基化修饰,O-GlcNAc修饰减弱YTHDF2的泛素化降解、增强其蛋白质稳定性,从而促进肿瘤进展
[16],但相关的机制研究在膀胱癌中较少,值得进一步研究。
综合上述研究,本研究提出假设:m6A阅读器YTHDF2被O-GlcNAc修饰后,降低YTHDF2蛋白的泛素化水平,YHHDF2蛋白水平上调,之后通过m6A修饰,促进下游靶基因PER1的mRNA降解,下调PER1的表达,促进肿瘤细胞增殖,加速膀胱癌的发展。本研究旨在深入探究O-GlcNAc修饰的YTHDF2调控膀胱癌进展的分子机制,以期为克服膀胱癌治疗困境提供全新线索。
1 材料与方法
1.1 伦理声明
本研究已获得中南大学湘雅二医院伦理委员会批准[审批号:2019伦审(科)第102号]。所有患者均签署知情同意书。
1.2 材料
1.2.1 病例资料及细胞
选取2019年5月至2020年1月就诊于中南大学湘雅二医院的膀胱癌患者。纳入标准:患者活检组织病理学诊断为膀胱癌。排除标准:近期接受过癌症相关治疗。收集20对膀胱癌患者肿瘤组织及其相应旁癌组织样本。
人正常膀胱上皮细胞SV-HUC-1和膀胱癌细胞T24、5637、EJ-1、SW780、BIU-87均购自中国科学院上海细胞库。
1.2.2 主要试剂
杜尔贝科改良伊格尔培养基(Dulbecco’s modified Eagle medium,DMEM)、胎牛血清、TRIzol试剂均购自美国Invitrogen公司;二喹啉甲酸(bicinchoninic acid,BCA)蛋白质定量试剂盒购自美国Thermo Fisher Scientific公司;增殖细胞核抗原(proliferating cell nuclear antigen,PCNA)、微小染色体维持复合体组分2(minichromosome maintenance complex component 2,MCM2)、细胞周期蛋白D1(cyclin D1,CCND1)、YTHDF2、O-GlcNAc、泛素(ubiquitin,Ub)和PER1一抗均购自英国Abcam公司;山羊抗兔及抗鼠二抗均购自北京中杉金桥生物技术有限公司;增强化学发光(enhanced chemiluminescence,ECL)发光液、细胞计数试剂盒-8(Cell Counting Kit-8,CCK-8)、5-乙炔基-2’-脱氧尿苷(5-ethynyl-2’- deoxyuridine,EdU)检测试剂盒均购自上海碧云天生物技术有限公司;多种短发夹RNA(short hairpin RNA,shRNA)序列包括shYTHDF2-1、shYTHDF2-2、shPER1-1、shPER1-2及shNC均购自上海吉玛制药技术有限公司;结晶紫染液购自中国Biosharp公司;甲基化RNA免疫沉淀(methylated RNA immunoprecipitation,MeRIP)检测试剂盒购自广州市锐博生物科技有限公司;放线菌酮(cycloheximide,CHX)、放线菌素D、OSMI-1(O-GlcNAc转移酶抑制剂)、Thiamet G(OGA抑制剂)均购自美国Sigma-Aldrich公司;Prime-Script RT和SYBR Premix试剂盒均购自日本TaKaRa公司。
1.3 方法
1.3.1 <italic>YTHDF2</italic>基因在泛癌中的表达分析
通过癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库TCGA泛癌图谱(Pan-Cancer Atlas)分析YTHDF2基因在泛癌肿瘤组织与对应正常组织中的表达水平差异。
1.3.2 YTHDF2蛋白糖基化修饰位点预测
利用丹麦技术大学健康技术系(DTU Health Tech)提供的生物信息学工具平台对YTHDF2蛋白的O-糖基化修饰位点进行预测。输入YTHDF2蛋白的氨基酸序列(UniProt ID: Q9Y5A9),通过上述工具的默认参数设置进行分析,综合预测结果(修饰概率≥50%),确定YTHDF2蛋白中潜在的糖基化修饰位点。
1.3.3 <italic>PER1</italic> mRNA m<sup>6</sup>A甲基化修饰位点预测
本研究从NCBI GenBank数据库获取人PER1基因全长成熟mRNA序列,经序列比对验证无误后确保无内含子污染;通过SRAMP网站选择“成熟mRNA模式”及“通用型”预测范围,最终预测出PER1 mRNA序列上存在多个不同置信度(含高置信度)的潜在m6A甲基化位点,为后续采用MeRIP-qPCR实验验证修饰真实性奠定基础。
1.3.4 免疫组织化学染色
将组织切片脱蜡至水后置于含抗原修复液的高压锅中进行抗原修复,滴加过氧化氢进行封闭。添加一抗YTHDF2(1꞉2 000)并于4 ℃下孵育过夜,次日孵育相应二抗并洗涤。DAB染色2 min,苏木精染色5 min,并进行酸化和返蓝。最后切片脱水后封片,采用电子显微镜观察并拍照。
1.3.5 细胞转染
将对数生长期细胞接种于6孔板中,培养条件为:含10%胎牛血清和1%双抗的DMEM培养基,37 ℃,5% CO2。待细胞汇合度达到70%左右时,采用Lipofectamine 2000试剂进行转染,48 h后,检测相应转染效率。
1.3.6 蛋白质印迹法
采用细胞裂解液提取细胞和组织中的总蛋白质并使用BAC试剂盒进行蛋白质定量。十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶(sodium dodecyl sulfate-polyacrylamide gel electrophoresis,SDS-PAGE)电泳后将蛋白质转移到聚偏二氟乙烯(Polyvinylidene Fluoride,PVDF)膜上,5%脱脂牛奶封闭,洗涤后将膜与一抗(1꞉1 000)孵育过夜,次日添加相应的二抗孵育1 h。最后使用ECL孵育PVDF膜进行显影。
1.3.7 实时荧光定量聚合酶链式反应
使用Trizol试剂提取组织或细胞的总RNA。使用Prime-Script RT试剂盒合成互补脱氧核糖核酸(complementary deoxyribonucleic acid,cDNA),SYBR Premix进行实时荧光定量聚合酶链式反应(quantitative real-time polymerase chain reaction,RT-qRCR)。内参为β-actin,使用2-ΔΔCt方法计算基因表达情况。YTHDF2正向引物为5'-AGTAGGGCAAC-AGACACAGC-3',YTHDF2反向引物为5'-TGGACC-GAAGCTTCTCCAAC-3';PER1反向引物为5'-GCC-AACCAGGAATACTACCAGC-3',PER1反向引物为5'-GTGTGTACTCAGACGTGATGTG-3';β-actin正向引物为5'-CCCTGGAGAAGAGCTACGAG-3',β-actin反向引物为5'-CGTACAGGTCTTTGCGGATG-3'。
1.3.8 CCK-8检测
将细胞接种在96孔板(5×103个/孔)中并进行相应转染,随后在不同时间点(0、24、48、72 h)向细胞添加CCK-8溶液20 μL孵育4 h,最后使用酶标仪在450 nm处测定吸光度。
1.3.9 平板克隆检测
将对数生长期细胞接种在6孔板(1×103个/孔)中,持续培养14 d。随后用4%多聚甲醛固定细胞15 min,结晶紫溶液染色20 min后,进行拍照。
1.3.10 EdU检测
将汇合度达到50%的细胞与EdU标记培养基孵育2 h,随后添加4%多聚甲醛固定细胞30 min,并在室温下用1% Triton X-100处理30 min。磷酸盐缓冲液(phosphate buffered saline,PBS)洗涤后用Apollo将细胞染色30 min。然后使用Hoechst对细胞中的脱氧核糖核酸(complementary deoxyribonucleic acid,DNA)进行染色,最后用荧光显微镜进行观察。
1.3.11 免疫沉淀检测
用含有蛋白酶抑制剂的裂解缓冲液裂解细胞。将细胞裂解物与2 μg YTHDF2抗体并于4 °C下孵育2 h,随后添加A/G琼脂糖珠孵育过夜。次日将磁珠从裂解缓冲液中分离并洗涤,采用蛋白质印迹法检测YTHDF2蛋白的O-糖基化修饰水平以及泛素化水平。
1.3.12 MeRIP检测
提取细胞RNA并用DNase I消化,随后使用超声破碎仪将RNA片段化。然后将抗m6A及免疫球蛋白G(immunoglobulin G,IgG)抗体分别与磁珠在免疫沉淀(immunoprecipitation,IP)缓冲液中于室温下预孵育1 h。随后将抗体-磁珠混合物添加到片段RNA中于4 ℃下孵育4 h。充分洗涤后使用蛋白酶K消化IP混合物,随后利用磁力架收集磁珠,吸取上清液。最后抽提RNA以分析PER1 mRNA的m6A修饰水平。
1.3.13 YTHDF2蛋白和<italic>PER1</italic> mRNA稳定性检测
分别采用DMSO、OSMI-1及Thiamet G处理细胞,随后用10 μg/mL放线菌酮处理细胞,提取不同时间点(0、12、24、36 h)的细胞蛋白质,通过蛋白质印迹法检测蛋白质表达情况。
接种细胞于6孔板,转染shYTHDF2并采用Thiamet G处理细胞,随后用放线菌素D处理细胞,检测不同时间点(0、12、24、36 h)的PER1 mRNA的表达情况。
1.4 统计学处理
采用GraphPad Prism 9.0统计学软件进行分析,计数资料用例表示,计量资料以均数±标准差表示。2组间比较采用Fisher精确检验,3组及以上之间的比较使用单因素方差分析。P<0.05为差异具有统计学意义。
2 结 果
2.1 <bold><italic>YTHDF2</italic></bold>在膀胱癌中高表达,且<bold>O-</bold>糖基化水平上调
首先通过TCGA网站分析发现
YTHDF2在膀胱癌、宫颈鳞状细胞癌、胆管癌等多种肿瘤组织中表达上调(
图1A)。而在肾嫌色细胞癌、肾透明细胞癌、嗜铬细胞瘤和副神经节瘤等多种肾来源的恶性肿瘤中表达下调。由于
YTHDF2在膀胱尿路上皮癌表达上调,进一步分析膀胱癌患者数据发现
YTHDF2在膀胱癌组织中的表达显著升高(
图1B)。随后在收集的20对膀胱癌患者癌组织与癌旁正常组织中发现
YTHDF2的mRNA和蛋白质表达均高于其相应的癌旁正常组织(均
P<0.05,图
1C、
1D),其中mRNA表达较癌旁组织上调2.5倍(
P<0.001),蛋白质水平较癌旁组织升高2倍(
P<0.01)。同时,免疫组织化学染色检测结果也得到相同结果(
图1E)。此外,通过生物信息学预测结果发现YTHDF2蛋白存在糖基化修饰位点(
图1F),且IP检测结果显示肿瘤组织中YTHDF2的O-糖基化水平较癌旁正常组织上调,O-GlcNAc修饰水平增加约3.5倍(
图1G,
P<0.001)。上述结果均提示YTHDF2在膀胱癌中表达上调,且O-糖基化水平增加。
2.2 敲低<bold><italic>YTHDF2</italic></bold>抑制膀胱癌细胞的增殖能力
体外实验结果显示:与人正常膀胱上皮细胞(SV-HUC-1)比较,膀胱癌细胞(5637、EJ-1、SW780和BIU-87)中YTHDF2的表达均显著上调(均
P<0.05,
图2A)。随后为探究YTHDF2在膀胱癌细胞中的作用,本研究选择在5367和SW780细胞(高表达YTHDF2)中转染shYTHDF2,以敲低
YTHDF2的表达水平,蛋白质印迹法结果表明转染shYTHDF2可以有效降低YTHDF2的表达水平(
P<0.05,图
2B、
2C)。随后通过CCK8、平板克隆、EdU实验发现:敲低
YTHDF2显著降低细胞的增殖能力(图
2D~
2F)。蛋白质印迹法检测结果显示:增殖相关蛋白质PCNA、MCM2、CCND1在敲低
YTHDF2后的膀胱癌细胞中均明显下调(均
P<0.05,
图2G)。上述结果均表明敲低
YTHDF2抑制膀胱癌细胞的增殖能力。
2.3 <bold>O-</bold>糖基化修饰的<bold>YTHDF2</bold>蛋白稳定性增强,促进膀胱癌细胞增殖
IP检测发现:与SV-HUC-1比较,YTHDF2蛋白的O-糖基化修饰水平在膀胱癌细胞中显著增加(
图3A)。随后利用OSMI-1和Thiamet G处理5637和SW780细胞,结果显示OSMI-1显著降低了YTHDF2蛋白质稳定性并促进其泛素化;Thiamet G则发挥相反作用(图
3B、
3C)。此外,Thiamet G能够逆转敲低
YTHDF2所导致的细胞增殖能力下调,以及PCNA、MCM2、CCND1蛋白质水平的下降(图
3D~
3G)。上述结果均表明O-糖基化修饰YTHDF2增强其蛋白质稳定性,从而促进膀胱癌细胞增殖。
2.4 <bold>YTHDF2</bold>靶向识别<bold>PER1</bold>,促进<bold><italic>PER1 </italic>mRNA</bold>的降解
通过TCGA预测发现PER1在膀胱癌组织中显著下调(
图4A)。随后RT-qPCR检测发现膀胱癌组织中
PER1 mRNA水平较癌旁正常组织明显降低(
图4B)。此外,SRAMP网站预测到PER1具有多个m
6A甲基化位点(
图4C),MeRIP结果显示PER1 m
6A修饰水平在膀胱癌组织中上调(
图4D)。随后,在5637和SW780细胞中敲低
YTHDF2并加入Thiamet G,结果显示敲低
YTHDF2上调PER1表达,增强
PER1 mRNA稳定性并降低其m
6A修饰水平,而Thiamet G逆转了这一趋势(图
4E~
4G)。综上,YTHDF2靶向识别PER1介导其m
6A修饰,进而促进
PER1 mRNA的降解。
2.5 <bold>YTHDF2</bold>通过调节<bold>PER1</bold>,促进膀胱癌细胞的增殖
RT-qRCR和蛋白质印迹法结果均表明转染shPER1可以有效降低
PER1的表达水平(图
5A、
5B)。随后本研究对5637和SW780细胞分别进行
YTHDF2和
PER1的单独或联合敲低实验,结果显示敲低
YTHDF2上调PER1表达,敲低
PER1逆转这一趋势(
图5C)。同时,本研究还发现下调
YTHDF2抑制膀胱癌细胞增殖,下调PCNA、MCM2、CCND1的表达;敲低
PER1逆转上述变化(图
5D~
5G)。这提示YTHDF2通过调节PER1,促进膀胱癌细胞的增殖。
3 讨 论
膀胱癌是一种常见的异质性疾病,对患者和医疗系统构成重大负担。因此亟须探究新的调控机制以克服膀胱癌的治疗困境。本研究揭示了O-糖基化修饰的YTHDF2通过调控PER1影响膀胱癌细胞增殖的分子机制,这丰富了糖基化修饰以及m6A修饰在癌症中的研究,为膀胱癌提供了新的生物治疗靶点。
m
6A修饰是真核生物中RNA最普遍的内部可逆化学修饰之一,由于其在正常发育过程和癌症等人类疾病中具有调节作用,受到了研究者的广泛关注。m
6A修饰是由调节蛋白(如METTL3、FTO)和m
6A RNA结合蛋白(如YTHDF2)介导的。m
6A修饰相关蛋白质在多种癌症类型中异常表达:例如,YTHDF2的高表达预示肺腺癌患者预后不良
[17];下调YTHDF2触发三阴性乳腺癌细胞凋亡
[18];YTHDF2促进尿路上皮膀胱癌细胞增殖和肿瘤生长
[8]。本研究发现YTHDF2在膀胱癌中高表达,敲低
YTHDF2抑制膀胱癌细胞增殖,这与相关报道一致。
糖基化修饰在调节肿瘤增殖、凋亡和迁移方面发挥重要作用
[13, 19]。PIGT通过增加GLUT1糖基化促进膀胱癌细胞生长和转移
[20]。O-糖基化修饰通过上调EFEMP1促进骨肉瘤进展
[19]。O-糖基化修饰也与膀胱癌有关:ALNT6介导的异常O-糖基化促进膀胱癌进展
[21]。此外,O-糖基化修饰对靶蛋白的稳定性具有重要作用。例如,Ser121位点的O-糖基化修饰增强p53的稳定性
[22]。过表达
GALNT6增加了EFEMP1的O-糖基化,从而减缓了EFEMP1的降解速率
[19]。本研究首先在临床和细胞水平发现膀胱癌中YTHDF2的O-糖基化水平上调,随后发现OSMI-1显著降低YTHDF2蛋白稳定性并促进其泛素化;而Thiamet G发挥相反作用,且Thiamet G还能逆转敲低
YTHDF2表达对膀胱癌细胞增殖的抑制作用。上述结果与相关报道一致,表明O-糖基化修饰YTHDF2可增加其蛋白质的稳定性,从而促进膀胱癌细胞增殖,这补充了O-糖基化修饰在膀胱癌中的研究。
YTHDF2作为m
6A修饰阅读器主要通过识别mRNA的m
6A修饰位点促进mRNA降解。在肝内胆管癌中,YTHDF2靶向识别
CDKN1B mRNA并促进其降解
[23];在皮肤癌中,YTHDF2以m
6A依赖性方式与
PIDD1 mRNA结合,从而促进
PIDD1 mRNA的降解
[24];在黑色素瘤研究中,YTHDF2识别m
6A修饰的
PER1 mRNA促进其降解
[11]。本研究发现在膀胱癌中,敲低
YTHDF2表达可上调PER1表达,增强
PER1 mRNA稳定性并降低其m
6A修饰水平,这一结果与相关研究一致。因此,本研究提出YTHDF2靶向识别PER1,促进
PER1 mRNA的降解。此外,PER1在多类肿瘤中发挥抑癌作用
[25-26]。本研究发现敲低PER1可逆转敲低
YTHDF2对膀胱癌细胞增殖的抑制作用,促进膀胱癌细胞增殖,上调PCNA、MCM2、CCND1的表达,这与相关研究一致。上述结果证明YTHDF2通过调节PER1促进膀胱癌细胞增殖。
综上所述,O-GlcNAc修饰的YTHDF2通过降低YTHDF2蛋白的泛素化水平上调其表达,而YTHDF2通过m
6A修饰促进下游靶基因
PER1的mRNA降解增加肿瘤细胞增殖以加速膀胱癌发展。本研究将为O-GlcNAc修饰的YTHDF2如何影响膀胱癌进展提供新的线索。然而,本研究还存在一定的局限性,如未进行体内实验验证,未来需构建膀胱癌小鼠模型以完善该机制。此外,有研究
[16]显示YTHDF2的Ser263位点易发生O-GlcNac糖基化修饰以促进肝癌进展,但本研究并未深入探讨膀胱癌中YTHDF2发生O-GlcNAc修饰的具体位点,未来研究应利用多组学分析并结合功能实验进行充分验证。
长沙市自然科学基金(kq2208335)