自噬相关LncRNA是头颈部鳞状细胞癌的预后指标

摘要

目的 探究长链非编码RNA(long non-coding RNA, LncRNA)对头颈部鳞状细胞癌(head and neck squamous cell carcinoma, HNSCC)患者预后的影响，探索HNSCC的自噬预后相关LncRNA及其功能。方法 从人类自噬数据库(human autophagy database, HADb)、癌症基因组图谱(cancer genome atlas, TCGA)下载自噬相关基因及HNSCC患者数据。经Pearson相关分析、Cox回归分析等筛选HNSCC的自噬预后相关LncRNA,进行功能富集分析并构建风险模型。根据中位风险评分将患者分为高危组和低危组，比较两组生存时间。利用受试者工作特征(receiver operating characteristic, ROC)曲线评估风险模型对HNSCC预后的预测能力，探索其临床价值，最后进行验证。结果 共筛选出910个HNSCC的自噬相关LncRNA,再次筛选发现有7个自噬预后相关LncRNA为HNSCC的独立预后因子，分别为AL357033.4、AL160006.1、AC069360.1、AL132712.1、AC245041.2、LINC00707和AC082651.3,建立风险模型。高危组生存时间低于低危组，风险模型的HR为1.470(P<0.001)。ROC曲线中风险模型的AUC为0.736,优于其他临床特征。风险评分与AJCC分期(P<0.001)、pT分期(P=0.043)、pN分期(P=0.002)相关性有统计学意义。GSEA结果提示高风险组和低风险组生存时间的差异可能是由风险模型诱导的不同免疫状态引起的。结论 此风险模型可以有效预测HNSCC预后，从而在HNSCC的发生发展中发挥关键作用。

关键词

癌症基因组图谱 / 自噬 / 头颈部鳞状细胞癌 / 长链非编码RNA / 生物信息学