基于RNA-seq的无量山乌骨鸡(Gallus gallus)肝脏脂代谢相关miRNAs的筛选

摘要

为研究无量山乌骨鸡(Gallus gallus)肝组织脂代谢相关miRNA (microRNA)在不同发育阶段的表达特征，本研究采集出壳当日(D1)和168日龄(D168)母鸡肝组织样品作为试验材料，利用DNBSEQ平台进行测序，采用DEGseq筛选差异表达的miRNA及其靶基因，随机选取9个差异表达miRNA进行RT-qPCR验证，KEGG通路分类筛选出脂代谢相关miRNA并进行聚类分析，预测脂代谢相关miRNA靶基因并进行GO和KEGG通路功能富集，构建脂代谢相关miRNA和靶基因关联网络。分析结果表明，筛选出106个差异表达miRNAs,包括54个上调miRNA和52个下调miRNA;聚类得到41个脂代谢相关的miRNAs;预测到38个靶基因，对靶基因的功能注释确定主要富集于甘油磷脂代谢、脂肪酸代谢和鞘脂代谢等脂质代谢相关通路，novel-gga-miR2311-5p-DGKZ、 novel-gga-miR2047-3p-ACACA、 novel-gga-miR866-3p-DGKH是脂代谢相关候选miRNA-mRNA关系对。研究提示无量山乌骨鸡肝组织miRNA在不同发育阶段的表达特征存在差异，研究结果可为无量山乌骨鸡肝组织miRNA调控脂代谢的分子机制提供参考。

关键词

无量山乌骨鸡 / 肝组织 / 脂代谢 / miRNA