基于子块矩阵马尔可夫聚类识别动态蛋白质相互作用网络功能模块

摘要

细胞生物过程具有时序动态性，蛋白质功能模块是驱动细胞生物过程的功能单位。为了蛋白质功能模块识别，本文将细胞生物过程建模为动态时序表达相关蛋白质相互作用网络(DTEPIN);构建子块矩阵以表示动态时序表达相关蛋白质相互作用网络；利用子块矩阵特殊性，分析时空复杂度和并行性；优化设计马尔可夫聚类算法，以识别动态时序表达相关蛋白质相互作用网络中的蛋白质功能模块。为了支持基于子块矩阵马尔可夫聚类过程，本文运用图形处理器并行计算矩阵乘积。实验结果表明，与已有同类算法相比，所设计算法识别的蛋白质功能模块，统计匹配质量更高且精确匹配数量更多。

关键词

蛋白质功能模块 / 蛋白质-蛋白质相互作用 / 动态时序表达 / 马尔可夫聚类 / GPU并行计算