蛇足石杉内生真菌Shiraia sp. Slf14全基因组序列分析

范存忠, 邱兰兰, 吴晓东, 杨慧林, 张志斌, 颜日明, 朱笃

doi:10.13417/j.gab.043.000353

基因组学与应用生物学 ›› 2024, Vol. 43 ›› Issue (02) : 353 -368. DOI: 10.13417/j.gab.043.000353

蛇足石杉内生真菌Shiraia sp. Slf14全基因组序列分析

范存忠, 邱兰兰, 吴晓东, 杨慧林, 张志斌, 颜日明, 朱笃

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摘要

内生真菌Shiraia sp. Slf14是从植物蛇足石杉(Huperzia serrata)中分离出来的一株能产生石杉碱甲和竹红菌素A的菌株。为了解菌株Shiraia sp. Slf14的基因特征，对该菌株进行全基因组测序。基于二代测序技术对蛇足石杉内生真菌Shi-raia sp. Slf14的全基因组进行测序分析，通过生物信息学相关软件进行质量控制及组装、功能注释、比较基因组学分析及系统发育分析和次生代谢产物分析。内生真菌Shiraia sp. Slf14的基因组大小为32 067 383 bp, N50的值为525 954 bp, G+C含量为47.96%;预测得到基因组中共有11 242个编码序列(coding sequences, CDS)、 106个tRNA和27个rRNA;在GO、 KEGG、 KOG和CAZY中分别注释到3 822个、 3 223个、 8 837个和563个基因；系统发育结果表明内生真菌Shiraia sp. Slf14属于竹黄菌属(Shiraia)。预测结果表明，内生真菌Shiraia sp. Slf14中存在50个次生代谢产物合成基因簇，具有合成多种生物活性物质的潜在能力，包括核糖体合成和翻译后修饰肽(RiPP)、Ⅰ型聚酮合酶(T1PKS)和非核糖体多肽合成酶(NRPS)等，此外还预测到可能参与石杉碱甲和竹红菌素A生物合成的基因簇。