肺腺癌转移相关的免疫特征开发及潜在中药预测

doi:10.13417/j.gab.043.000548

基因组学与应用生物学 ›› 2024, Vol. 43 ›› Issue (03) : 548 -560. DOI: 10.13417/j.gab.043.000548

关双, 刘溪, 王念, 陈亚飞, 俞成诚, 李兵, 刘骏, 王忠

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摘要

本研究旨在确定具有免疫相关基因的可靠预后特征，该特征可以预测预后并对肺腺癌(lung adenocarcinoma, LUAD)患者的个体化管理提供帮助。从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas, TCGA)数据库下载LUAD患者的mRNA表达谱和相应的临床数据；使用单因素COX和LASSO模型来构建预后模型；使用基于风险评分的方法开发预后特征；通过Kaplan-Meier分析比较高风险患者和低风险患者之间的总生存期(overall survival, OS), OS的独立预测因子通过单变量和多变量COX分析确定；单样本基因集富集分析(single sample gene set enrichment analysis, ssGSEA)用于评估免疫细胞浸润程度；通过LASSO和COX回归分析构建生存预后特征。根据预后特征，在OS方面将患者显著分层为高风险组和低风险组，与低风险组相比，高风险组的LUAD患者OS显著降低。通过ROC曲线分析证实了预后基因标记的预测能力。多因素COX分析显示，风险评分是OS的独立预测因子。通过免疫分析，发现了肺腺癌转移组与未转移组的不同的免疫特征。与Coremine Medical数据库相互映射筛选出牛黄(Bovis Calculus)、罗汉果(Siraitiae Fructus)等15种中药。本研究提出了一种新的肺腺癌预后特征，用于估计LUAD的OS。此外，本研究发现了肺腺癌转移组和未转移组之间的免疫特征差异，这可能有助于对LUAD患者进行更准确的生存风险分层和个体化临床管理。