藏猪Ⅱ型肺泡上皮细胞新转录本及其功能解析

摘要

利用已获得的藏猪（Tibetan pig）Ⅱ型肺泡上皮细胞（typeⅡalveolar epithelial cells, ATⅡ）的RNA-seq数据完善已注释的猪（Sus scrofa）基因组信息，鉴定并分析新转录本的功能。基于已发表的藏猪和长白猪（Landrace pig） ATⅡ的长读段测序数据，使用Stringtie重构转录本并鉴定新转录本。共对4 245个转录本的非翻译区（non-translational region, UTR）进行了延长，其中5′UTR和3′UTR延伸的转录本分别有1 646个和3 263个，5′和3′端共延伸的转录本有648个。发掘出54个新转录本，其经过滤后的平均长度为4 047 bp,且在NC＿010448.4染色体上的分布最多。GO富集分析结果表明，藏猪ATⅡ的常氧（21%O₂）组和低氧（2%O₂）组的14个差异新转录本显著富集于细胞器膜、限制性脱氧核糖核酸内切酶活性和转座；KEGG分析结果表明，动物细胞因子-细胞因子受体交互作用、淀粉和蔗糖代谢以及丝裂原活化蛋白激酶（mitogen-activated protein kinase, MAPK）信号通路有大量差异新转录本显著富集。藏猪ATⅡ的新转录本可能通过淀粉和蔗糖代谢以及MAPK信号通路与已注释基因共同参与ATⅡ的低氧应答反应。研究结果较好地完善了现有的猪基因组注释，并为相关组学和分子生物学研究的深入开展提供了基础。

关键词

Ⅱ型肺泡上皮细胞 / 藏猪 / 新转录本