不同生长阶段伊拉兔骨骼肌转录组数据的挖掘分析

吴倩雯; 王露; 王文佳; 姬正伟; 路宏朝; 程佳

doi:10.13417/j.gab.043.001028

基因组学与应用生物学 ›› 2024, Vol. 43 ›› Issue (06) : 1028 -1038. DOI: 10.13417/j.gab.043.001028

不同生长阶段伊拉兔骨骼肌转录组数据的挖掘分析

吴倩雯, 王露, 王文佳, 姬正伟, 路宏朝, 程佳

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摘要

为了进一步挖掘伊拉兔骨骼肌转录组的数据，本研究运用生物信息学对3个生长阶段的伊拉兔腓肠肌转录组数据进行深入的综合分析。通过对可变剪切、新转录本及其转录因子的表达模式和分子功能进行可视化呈现，结果发现，在伊拉兔骨骼肌的生长过程中，外显子跳跃(skipping exon, SE)是最常见的剪切方式，发生可变剪切的基因主要富集于泛素化介导的蛋白水解过程。同时，挖掘出4个新转录本，其编号分别是Novel.10047、 Novel.13070、 Novel.16785和Novel.7389,均与骨骼肌的氧化-还原过程和线粒体功能相关。同属于zf-C2H2转录因子家族成员的转录因子PLAGL1、 KLF15、 IKZF2和ZNF566可能作为潜在靶点参与调控伊拉兔骨骼肌的生长过程。研究结果对伊拉兔基因组和转录组注释信息进行了补充，为进一步完善及解析伊拉兔骨骼肌生长过程中潜在的功能基因及作用提供了理论基础和依据。