南洋鼠线粒体基因组结构特征及其属级分类关系的分子证据

摘要

南洋鼠（Chiromyscus langbianis）是亚洲特有的一种树栖鼠类，其属级分类一直存在争议，不同的分类系统将其归入白腹鼠属（Niviventer）或费氏树鼠属（Chiromyscus）,影响了对其生物学特性的认识。本研究旨在通过测定和分析南洋鼠的线粒体基因组，探讨其线粒体基因组结构特征，并利用近邻相接法（neighbor-joining method, NJ）和最大似然法（maximum likelihood method, ML）构建22个近缘物种线粒体基因组的系统发育树，厘清南洋鼠的属级分类关系。结果表明，南洋鼠线粒体基因组总长度为16 288 bp,包含22个tRNA基因、 13个蛋白编码基因、 2个rRNA基因和一段非编码区（non-coding region, NCR）,线粒体基因组碱基组成为A 36.6%、 T 28.9%、 G 15.0%和C 19.5%, AT偏斜（AT-skew）为0.092, GC偏斜（GC-skew）为-0.337。在22个tRNA基因中，除tRNA^Ser（AGY）缺少D环外，其余的21个tRNA基因均能够折叠成典型的三叶草结构。同时，部分tRNA基因，如tRNA^Phe出现了A-A, tRNA^Val、 tRNA^Leu、 tRNA^Ile出现了C-U等非经典配对，以维持tRNA二级结构的稳定性。基于近邻相接法和最大似然法构建的系统发育树表明，南洋鼠与费氏树鼠属的亲缘关系更近。进一步基于线粒体Cytb和Cox1构建的系统发育树及遗传距离分析结果，均支持南洋鼠划入费氏树鼠属。本研究为南洋鼠的分类地位和系统发育关系提供了分子证据，也为其种群遗传学的研究提供了数据参考。

关键词

南洋鼠 / 线粒体基因组 / 遗传距离 / 系统发育