基因Ⅵ型新城疫病毒时空传播动态研究

摘要

新城疫病毒（Newcastle disease virus, NDV）是禽类最重要的疫病病原之一，其中基因Ⅵ型NDV在鸽群广泛流行，给养鸽业造成了严重的经济损失。为深入了解基因Ⅵ型NDV在世界不同地理区域和宿主间的传播动态，本研究通过病毒分离鉴定、高通量测序、完整F基因系统发育树构建和贝叶斯系统动力学等方法进行综合分析，结果获得4株广西NDV分离株，均为基因Ⅵ型。进一步的时空分析显示，基因Ⅵ型NDV最近的共同祖先时间为1972年（95%置信区间：1965～1978）,估计进化速率为1.43×10^-3 substitution/site/year(95%置信区间：1.27×10^-3～1.59×10^-3);意大利是欧洲基因Ⅵ型NDV早期的外溢传播中心，该病毒从欧洲传播至我国，随后华东和华南成为我国的主要传播中心；病毒存在从鸽（Columba livia）到野鸟和鸡（Gallus gallus）、从野鸟到鹌鹑（Coturnix coturnix）等的跨物种传播，但病毒传播最重要的宿主是鸽。分析结果表明基因Ⅵ型NDV正快速进化，有作为突变库的潜在威胁。基于“One Health”理念，应在全球范围内加强主动监测，改善家禽管理策略，避免不同家禽之间及不同家禽与野鸟之间的直接和间接接触。这些信息有助于了解基因Ⅵ型NDV的起源、传播与进化，为制定相应防控策略提供科学依据。

关键词

新城疫病毒 / 基因Ⅵ型 / 系统发育分析 / 时空分析