基于亚细胞水平RNA-seq鉴定RIDD潜在靶基因

摘要

RIDD(regulated inositol-requiring enzyme 1 dependent RNA decay,受调控的肌醇需求酶1依赖性的RNA降解)是内质网应激传感器IRE1(inositol-requiring enzyme 1,肌醇需求酶1)的RNA内切酶活性的表现形式之一。RIDD与细胞命运密切相关，参与调控细胞分化、脂质和糖类代谢以及炎症反应等。因此，明确RIDD靶基因及其生理意义对于疾病机制解析、新靶点发现和新疗法开发具有重要意义。然而，当前的RIDD靶基因研究尚存在诸多问题，新的靶基因有待发现。本研究基于亚细胞水平RNA-seq,设置了三个筛选RIDD潜在靶基因的标准：(1)内质网应激后，细胞质中特异性下调的基因；(2)在内质网膜胞质侧富集表达的基因；(3)具有一致序列CUGCAG且能形成茎环结构的基因。最终，本研究鉴定出128个RIDD潜在靶基因。相较于其他研究，本研究聚焦于内质网膜胞质侧RNA的序列依赖性的降解，排除了转录水平变化和其他RNA降解机制等因素的干扰。这些潜在靶基因除富集于细胞分裂相关通路外，还与Wnt(wingless-related integration site,无翅整合相关位点)信号通路密切相关。该发现有助于阐明内质网应激调控Wnt信号通路的机制，并有望为Wnt活动异常相关癌症的治疗提供新靶点及新思路。

关键词

内质网应激 / 受调控的肌醇需求酶1依赖性的RNA降解 / 肌醇需求酶1 / Wnt