不同种植密度下两个不同耐密植性甘蓝型油菜的转录组比较分析

宋敏; 钟晓; 郑潇潇; 张炳超; 王雨文; 陈伦林; 李书宇; 丁戈; 熊洁

doi:10.13417/j.gab.043.001548

基因组学与应用生物学 ›› 2024, Vol. 43 ›› Issue (Z1) : 1548 -1564. DOI: 10.13417/j.gab.043.001548

不同种植密度下两个不同耐密植性甘蓝型油菜的转录组比较分析

宋敏, 钟晓, 郑潇潇, 张炳超, 王雨文, 陈伦林, 李书宇, 丁戈, 熊洁

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摘要

合理密植是提高甘蓝型油菜(Brassica napus)产量的重要途径。为探讨油菜对密植的分子响应，本研究以耐密植和不耐密植甘蓝型油菜品种为研究对象，在常规密度和高密度种植条件下对其上位叶和下位叶进行转录组测序。经比较分析，在两品种的上位叶和下位叶样品分别筛选出共有差异表达基因94个和407个，这些基因在两个品种中的表达都随着种植密度不同而表现出差异。通过加权共表达基因网络分析(weighted gene coexpression network analysis, WGCNA)筛选出与耐密植油菜显著正相关的blue和purple模块，对其进行GO富集分析，并从核心基因中筛选出12个核心转录因子(包括EIN3/EIL1、 HD-ZIP、 bHLH、 TCP、 NAC和ERF)和1个蓝光受体基因CRY2。功能注释显示多个核心基因对应的拟南芥(Arabidopsis thaliana)同源基因参与避荫反应。本研究可为甘蓝型油菜耐密植性改良提供数据参考和候选基因资源。