金黄仓鼠乳脂球与乳腺组织转录谱的比较分析

李玉洁; 蒋晗偲; 徐晓晛; 宋新辉; 刘庆友; 崔奎青; 李志鹏

doi:10.13417/j.gab.043.001575

基因组学与应用生物学 ›› 2024, Vol. 43 ›› Issue (Z1) : 1575 -1585. DOI: 10.13417/j.gab.043.001575

金黄仓鼠乳脂球与乳腺组织转录谱的比较分析

李玉洁, 蒋晗偲, 徐晓晛, 宋新辉, 刘庆友, 崔奎青, 李志鹏

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摘要

本研究以金黄仓鼠(Mesocricetus auratus)为实验动物，对乳脂球和乳腺进行转录组测序(transcriptome sequencing, RNA-seq),研究其基因表达模式的差异和相关性，探讨应用可多次取样的乳脂球作为研究泌乳特征相关基因表达模式的可行性。采用Trizol法提取金黄仓鼠乳腺组织及乳脂球中的总RNA进行转录组测序，并对乳腺组织和乳脂球中的基因表达模式进行对比分析。结果显示，在金黄仓鼠mRNA中共鉴定出了21 360个基因，其中12 624(59%)个基因在乳脂球和乳腺组织共表达，包括7 908个非差异表达基因(non-differentially expressed genes, NDEGs)和3 992个差异表达基因(differentially expressed genes, DEGs)。NDEGs仅占基因总数的37%,说明乳腺组织和乳脂球中的基因表达模式存在较大差异。对NDEGs和DEGs分别进行GO和KEGG富集分析，结果显示NDEGs和DEGs均主要富集在脂质代谢等泌乳功能相关的信号通路。随机选取4个与泌乳性状相关的NDEGs和DEGs通过实时荧光定量PCR分析其表达量，结果显示其表达趋势与RNA-seq相符。综上所述，乳脂球和乳腺组织中的基因表达模式具有较大差异，乳脂球不适宜完全替代乳腺组织作为基因表达相关研究的材料，仅可应用于部分泌乳相关基因表达的研究。本研究为应用乳脂球代替乳腺组织研究哺乳动物泌乳性状相关基因的表达及调控机制提供了新的理解和数据参考。