基于RAD-seq测序技术的墨西哥湾扇贝遗传改良后代及其双亲的遗传结构分析

摘要

本研究旨在阐明遗传改良后代墨西哥湾扇贝(Argopecten irradians concentricus)“橙黄1号”杂交选育系F5与其双亲的遗传关系及遗传进展。运用RAD-seq测序技术，对4个群体共96份扇贝样本进行了主成分分析(principal component analysis, PCA)、系统进化树构建及群体结构分析。进一步对墨西哥湾扇贝“橙黄1号”F5的30份样本进行亲本基因型转化及遗传多样性分析。结果表明，96份扇贝样本与参考基因组的平均比对率为96.45%,平均覆盖度为13.89%,平均覆盖深度为5.62×,共获得116 533个高质量单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)位点。群体遗传结构分析表明，96份扇贝样本被明显划分为4个类群，墨西哥湾扇贝“橙黄1号”F5的遗传结构与其双亲相近，介于双亲之间，与外群华贵栉孔扇贝(Chlamys nobilis)遗传结构相距较远。遗传多样性分析结果表明，墨西哥湾扇贝“橙黄1号”F5的平均观测杂合度为0.148 5,低于平均期望杂合度0.378 1。说明经过5代选育，墨西哥湾扇贝“橙黄1号”F5的遗传基因获得纯化。研究结果为墨西哥湾扇贝“橙黄1号”的遗传背景、亲缘关系及遗传进展提供依据。

关键词

墨西哥湾扇贝“橙黄1号” / 单核苷酸多态性(SNP) / 遗传结构 / 亲缘关系 / 遗传进展