银杏C2H2型锌指蛋白家族的全基因组鉴定及生物信息学分析

李建阳; 熊思微; 李贺勤; 崔鹏; 贺炳

doi:10.13417/j.gab.043.001723

基因组学与应用生物学 ›› 2024, Vol. 43 ›› Issue (Z2) : 1723 -1734. DOI: 10.13417/j.gab.043.001723

银杏C2H2型锌指蛋白家族的全基因组鉴定及生物信息学分析

李建阳, 熊思微, 李贺勤, 崔鹏, 贺炳

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摘要

在多种高等植物中，C2H2型锌指蛋白(C2H2-type zinc finger proteins, C2H2-ZFPs)作为重要的转录因子家族，已被证实在生长发育和逆境胁迫响应等生物学过程中发挥着重要作用。本研究在银杏(Ginkgo biloba)中鉴定了61个C2H2-ZFPs家族成员，并分析了它们的理化性质、染色体定位、共线性关系、启动子顺式调控元件和组织表达模式。依据系统发育分析将这些C2H2-ZFPs家族成员分为5个亚家族，均匀的地分布在12条染色体上。亚细胞定位结果显示，银杏C2H2-ZFPs家族成员主要定位于细胞核中；启动子顺式元件分析表明，银杏C2H2-ZFPs家族含有许多光响应元件、植物激素反应元件；组织表达模式分析显示，61个C2H2-ZFPs家族成员在不同组织中表达，表明它们可能在不同组织、生长发育不同时期中发挥作用。该研究为银杏C2H2-ZFPs家族提供较为详细的概述，并为进一步探索该家族成员的作用奠定研究基础。