板角山羊与酉州乌羊肌肉、心脏、肝脏的比较转录组分析

屈明好; 吕士鹏; 孙晓燕; 李杰; 陈灿灿; 蒋婧; 范玉雪; 刘良佳; 王高富; 任航行

doi:10.13417/j.gab.043.001761

基因组学与应用生物学 ›› 2024, Vol. 43 ›› Issue (Z2) : 1761 -1778. DOI: 10.13417/j.gab.043.001761

板角山羊与酉州乌羊肌肉、心脏、肝脏的比较转录组分析

屈明好, 吕士鹏, 孙晓燕, 李杰, 陈灿灿, 蒋婧, 范玉雪, 刘良佳, 王高富, 任航行

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摘要

板角山羊(Banjiao goat)和酉州乌羊(Youzhou dark goat)是重庆地方特色品种山羊(Capra hircus)。为研究板角山羊和酉州乌羊基因的差异表达，本研究利用Illumina测序技术分别对板角山羊和酉州乌羊背最长肌、心脏和肝脏进行转录组测序，对测序结果分别进行序列比对、结构分析和转录因子预测，筛选差异表达基因(differentially expressed genes, DEGs)并对其进行功能富集分析，并随机选取6个DEGs进行RT-qPCR验证。结果表明，在板角山羊和酉州乌羊的心脏、背最长肌和肝脏组织中检测出1 390 854个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)位点、 74 758个插入/缺失(insertion/deletion, Indel)和53 625个可变剪接，鉴定了66、 190和377个DEGs,这些基因被划分到14种转录因子家族中，同时参与了与肌肉组成成分、有机酸及脂肪酸代谢等相关的多个代谢通路。本研究发现，ASIP基因在山羊体内可能通过参与调节不同组织的脂肪代谢进而影响肉的品质，ANKRD1基因可能是另一个影响板角山羊和酉州乌羊肉品质差异的重要候选基因，DNAJB1、MTL5和N2DL2基因可能参与了不同品种山羊的免疫机能调节。本研究阐述了板角山羊和酉州乌羊不同组织的基因表达差异，为板角山羊和酉州乌羊遗传资源的挖掘与利用提供了重要信息。