JCVI:用于比较基因组学分析的多功能工具包

张以星; 王争光; 谭月; 吴婷婷; 齐浥颖; 王宇浩; 黄育敏; 张积森; 唐海宝

doi:10.13417/j.gab.044.000001

基因组学与应用生物学 ›› 2025, Vol. 44 ›› Issue (01) : 1 -10. DOI: 10.13417/j.gab.044.000001

JCVI:用于比较基因组学分析的多功能工具包

张以星, 王争光, 谭月, 吴婷婷, 齐浥颖, 王宇浩, 黄育敏, 张积森, 唐海宝

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摘要

随着高通量测序技术的快速发展，越来越多物种的基因组组装、注释，以及比较基因组学研究得到开展。尽管已有各类工具可以分别处理这些步骤，但用户对能够整合这些不同工具的解决方案的需求日益增加。在此，本文介绍了JCVI库，这是一个功能多样的基于Python的库，其模块化设计能够处理格式解析、图形生成、基因组挂载和植物表型提取等多种任务。该库以BSD-2-Clause许可证发布，用户可在https://github.com/tanghaibao/jcvi免费获取。JCVI提供了简洁统一的解决方案，简化了这些任务，使研究人员能够流畅地开展全面的基因组分析。