适应喀斯特与非喀斯特生境的两种天葵属植物的基因组特征研究

莫晓芫; 张强; 黄夕洋; 吴磊; 覃信梅

doi:10.13417/j.gab.044.000355

基因组学与应用生物学 ›› 2025, Vol. 44 ›› Issue (04) : 355 -369. DOI: 10.13417/j.gab.044.000355

适应喀斯特与非喀斯特生境的两种天葵属植物的基因组特征研究

莫晓芫, 张强, 黄夕洋, 吴磊, 覃信梅

作者信息 +

Author information +

文章历史 +

摘要

为探索适应不同生境基质植物基因组特征变异规律，本研究以生长在喀斯特石灰岩上特有种广西天葵（Semiaquilegia guangxiensis）和与之近缘且主要生长在泥土上的广布种天葵（Semiaquilegia adoxoides）为研究对象，利用流式细胞术和基于二代测序的基因组Survey分析，评估基因组大小、杂合率、重复序列、 GC含量和倍性，比较和分析基因组特征差异。流式细胞术预估广西天葵和天葵的基因组大小分别为392.12 Mb、 337.68 Mb。K-mer分析预估两者基因组大小分别为390.68 Mb、341.12 Mb,杂合率分别为0.54%、 0.08%,重复序列分别为52.40%、 47.70%,预测两者均为二倍体。基因组初步组装得到两者基因组大小分别为311.62 Mb、 264.24 Mb, GC含量分别为36.47%、 36.34%,经BUSCO评估组装完整性相对较好。以上结果表明，专性生长在喀斯特石灰岩的广西天葵的基因组大小、杂合度、重复序列均高于分布广泛的天葵。对基因组进行重复序列注释和功能分析显示，广西天葵的重复序列和转座子比例均比天葵高，广西天葵重复序列功能注释到了氧化还原、能量代谢、次生代谢物合成、调控Ca²⁺、细胞壁合成等条目，这可能与其适应喀斯特生境有关。本研究为天葵属植物的全基因组测序、组装和精细图谱绘制进而解析适应不同生境的分子机理奠定基础，也为资源保护和开发利用提供参考。