新疆四爪陆龟线粒体基因组特征与系统发育分析

摘要

四爪陆龟（Testudo horsfieldii）自1973年在我国新疆伊犁地区被发现以来，因其珍稀性与中生代孑遗地位而引起关注，但其分子生态学研究仍较匮乏。本文针对新疆四爪陆龟，参照土库曼斯坦种群线粒体基因组序列（NC＿007697）,设计26对特异引物并进行PCR扩增，采用Sanger测序获取完整线粒体基因组（16 917 bp）。结果显示，线粒体基因组A+T含量达60.51%,呈显著AT偏倚，含13个蛋白质编码基因（protein-coding genes, PCGs）、 2个核糖体RNA（ribosomal RNAs, rRNAs）基因、 22个转运RNA （transfer RNAs, tRNAs）基因和1个控制区（displacement-loop region, D-loop）。基因间共有45 bp的间隔区和41 bp的重叠区，ND6基因是唯一位于轻链的PCGs,ND3基因第174位点插入一个腺嘌呤（adenine, A）, WANCY基因簇中28 bp序列可形成轻链复制起始点（O_L）。tRNA^Ser（GCU）缺少DHU臂，呈二叶草结构。D-loop区长1 407 bp,比土库曼斯坦种群（1 582 bp）少15段重复序列，可能是地理隔离与环境压力导致的差异化演化。系统发育结果支持新疆与土库曼斯坦四爪陆龟为同一物种的不同种群，而非独立物种，并与缅甸陆龟（Indotestudo elongata）、希腊陆龟（Testudo graeca）及豹龟（Geochelone pardalis）形成高度支持的单系群。

关键词

四爪陆龟 / 线粒体基因组 / D-loop区 / 系统发育