中国猪瘟病毒的遗传进化及时空传播分析

摘要

为深入了解中国地区猪瘟病毒(classical swine fever virus,CSFV) E2基因的遗传进化特征及其时空传播规律，本研究系统开展了基因重组、基因选择压力、系统发育、种群动态及地理传播等分析。从NCBI数据库获取1994～2024年间中国地区348条非疫苗株CSFV E2基因序列，通过RDP4检测重组事件，通过Dna SP计算基因选择压力及遗传分化的各项指标，通过IQ-TREE构建最大似然系统发育树，通过BEAST估算病毒在中国的起源及分化时间，并结合Sprea D3进行贝叶斯地理传播分析。结果显示，348条CSFV E2序列中有1条存在显著重组信号;我国CSFV E2基因受负向选择压力，即该基因存在纯化选择作用;我国CSFV E2基因具有较高的基因多样性，且遗传分化程度高，群体间流动性低;我国CSFV的优势基因型为2.1b和2.1c;我国CSFV的共同祖先(the most recent common ancestor,TMRCA)可以追溯到1902年以前; CSFV在国内随时间经历了多次分化事件，距离系统发育树根部最近的毒株来源于广西，后验概率为1; CSFV在国内存在多条传播路径，甘肃省最可能成为CSFV在中国各省区传播过程中的重要枢纽。本研究表明，我国流行的CSFV呈现基因型多样性特征，以2.1b、2.1c型为主流，同时该病毒具有起源早、分布广、进化快、分化高等特性，这对E2基因及猪瘟分子流行病学的深入研究具有重要价值。

关键词

猪瘟病毒(CSFV) / E2基因 / 遗传进化 / 时空传播