云豹和虎全基因组微卫星分布规律及差异分析

李佳璐; 刘俊伟; 李心怡; 窦海龙

doi:10.13417/j.gab.045.000634

基因组学与应用生物学 ›› 2026, Vol. 45 ›› Issue (3) : 634 -646. DOI: 10.13417/j.gab.045.000634

云豹和虎全基因组微卫星分布规律及差异分析

李佳璐, 刘俊伟, 李心怡, 窦海龙

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摘要

本研究旨在比较云豹(Neofelis nebulosa)与虎(Panthera tigris)全基因组中微卫星的分布特征。利用Krait v1.3. 3软件对公共基因组数据进行分析,共鉴定出超过130万个微卫星位点。两物种微卫星的相对丰度(云豹:553.94 loci/Mb;虎:591.07 loci/Mb)及基因组占比(云豹:1.27%;虎:1.19%)相近,且长度分布趋势一致。优势重复单元类别主要为A、 AG、AC、 C、 AT、 AAAT、 AAAG、 AAAC、 AAGG和AAC。微卫星数量在整体上随核心拷贝数增加而递减,并在拷贝数为4、 7和12时出现峰值。染色体水平上,微卫星数量与染色体长度呈显著正相关, 1号和a1号染色体上数目最多,而云豹18号与虎e3号染色体上数目最少。值得注意的是,两物种X染色体上的微卫星均呈非随机分布,部分类型(如AT、 AG、 ATCC)倾向于在特定区域聚集,但聚集的类别和区域存在种间差异。总体而言,云豹与虎全基因组的微卫星分布特征高度相似,仅在重复类型频率和X染色体聚集模式上存在细微差异。本研究结果可为两物种的微卫星标记开发、群体遗传学及基因组进化研究提供数据基础。