嗜吡啶红球菌全基因组测序及比较基因组学分析

孙学亮; 方展明; 郭慧玲; 冯洪超; 于宏; 陈成勋; 赵林

doi:10.13417/j.gab.045.000658

基因组学与应用生物学 ›› 2026, Vol. 45 ›› Issue (3) : 658 -670. DOI: 10.13417/j.gab.045.000658

嗜吡啶红球菌全基因组测序及比较基因组学分析

孙学亮, 方展明, 郭慧玲, 冯洪超, 于宏, 陈成勋, 赵林

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摘要

为深入解析嗜吡啶红球菌(Rhodococcus pyridinivorans)的基因组特征和功能潜力,本研究基于第三代测序技术对该菌株进行全基因组测序及比较基因组学分析。结果显示,该菌株基因组总长为5.71 Mb, G+C含量为67.97%,共预测到5 549个蛋白质编码基因,其中包括54个t RNA基因和12个r RNA基因。功能注释显示,在KEGG、 COG、 GO、 CAZy数据库中分别识别到2 590、 3 694、 2 983、 130个功能基因,主要涉及脂质、氨基酸和碳水化合物代谢,信号转导与转录调控等过程。比较基因组学分析显示,嗜吡啶红球菌具有开放型泛基因组特征,共有基因主要与能量代谢和信息传递相关,特有基因多涉及代谢和防御机制等通路。系统发育分析进一步揭示,该菌株与其他嗜吡啶红球菌菌株存在一定遗传分化。本研究为阐明嗜吡啶红球菌的代谢潜力及其在水产养殖和环境修复中的应用提供了基因组学依据。