青海“柴达木大肥菇”基因组特征与比较基因组分析

孟清; 徐鸿雁; 刘菲燕; 李松龄

doi:10.13417/j.gab.045.000671

基因组学与应用生物学 ›› 2026, Vol. 45 ›› Issue (3) : 671 -683. DOI: 10.13417/j.gab.045.000671

青海“柴达木大肥菇”基因组特征与比较基因组分析

孟清, 徐鸿雁, 刘菲燕, 李松龄

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摘要

“柴达木大肥菇”是青海省柴达木盆地盐碱荒漠生态系统的典型大型真菌,其分类归属存在争议。本研究采用Illumina Nova Seq和PacBio Revio测序平台,完成了“柴达木大肥菇”菌株ASnmh513的全基因组测序、组装及注释,并进一步与中华美味蘑菇(Agaricus sinodeliciosus)ZRL20160001-S65开展比较基因组分析。结果显示,菌株ASnmh513的基因组大小为33.07 Mb, G+C含量为45.89%,组装获得20条大于1 kb的contig,完整度达94.88%。共预测到9 268个编码基因,其中6 668个获得GO注释, 8 802个获得KEGG注释。系统发育分析和平均核苷酸一致性(average nucleotide identity, ANI)分析表明, ASnmh513与ZRL20160001-S65亲缘关系极近(ANI=0.99),构成一个高支持率的单系群。两基因组共线性支持率为73.15%,共有基因家族占比85.57%,并筛选出ASnmh513特有基因家族1 294个,其功能显著富集于催化活性、转录调控和发育过程等类别。本研究首次构建了“柴达木大肥菇”的高质量基因组参考图谱,从基因组层面确认其为中华美味蘑菇,同时提示其特有基因可能在盐碱环境适应和子实体发育中扮演关键角色。