老年患者呼吸道合胞病毒基因特征分析

摘要

目的 分析老年患者人呼吸道合胞病毒（HRSV）全基因组、F基因的序列特征及系统发育关系。方法 针对宁夏银川3家流感哨点医院1 149例急性呼吸道感染病例鼻咽拭子样本，采用RT-PCR检测HRSV阳性情况。对检测到的2例呼吸道合胞病毒感染阳性且病例年龄≥65岁的样本进行全基因组测序。利用MEGA 7.0和Megalign构建全基因组亲缘关系进化树并进行序列同源性分析。结合HRSV原型株以及本课题组前期所获得的儿童呼吸道合胞病毒感染的阳性样本的F蛋白氨基酸序列，利用生物信息学方法和比较基因组学的方法对F蛋白数据进行比较分析。结果 共收集1 149份鼻咽拭子标本，22份标本为HRSV阳性，阳性率为1.91%。获得2例年龄≥65岁且均全基因组测序成功的HRSV阳性样本，亲缘关系进化树显示，2株HRSV均为ON1型，与参比序列核苷酸（氨基酸）同源性为96.0%～99.8%(84.6%～99.7%)。与原型株以及儿童呼吸道合胞病毒感染的阳性样本的F蛋白氨基酸序列比较分析，其编码蛋白的理化特性、二级结构、三维结构、功能位点等高度相似。经过软件预测，HRSV的F蛋白为性质稳定的亲水性蛋白，主要定位于质膜，含有1个信号肽序列及2个跨膜结构域。在F蛋白的二级结构中，α-螺旋、无规则卷曲的占比较大，与三维结构模型整体相似度较高，磷酸化位点的数量为98～99，其中最多的为丝氨酸。结论 2例老年HRSV感染的阳性样本均为A亚型ON1型，与儿童呼吸道合胞病毒感染的阳性样本以及原型株（Long株）F蛋白的序列、结构和功能高度相似，是定位于质膜且性质稳定的亲水蛋白，含有1个信号肽序列以及2个跨膜结构域。

关键词

人呼吸道合胞病毒 / 全基因组 / F基因 / 生物信息学分析 / 基因特征