不同培养温度的鱼源海豚链球菌转录组分析

贾新蕾; 黄增朝; 杨林狄; 吕静; 李妍萍; 简纪常; 黄郁葱

doi:10.15886/j.cnki.rdswxb.20230027

热带生物学报 ›› 2024, Vol. 15 ›› Issue (01) : 109 -121. DOI: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20230027

不同培养温度的鱼源海豚链球菌转录组分析

贾新蕾, 黄增朝, 杨林狄, 吕静, 李妍萍, 简纪常, 黄郁葱

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摘要

为鉴定海豚链球菌（Streptococcus iniae）在不同温度的转录水平差异，通过生长曲线测定和人工感染试验分析该菌在25℃和35℃下的生长情况和致病性，采用链特异性转录组测序（Strand-specific RNA-seq）技术对25℃和35℃培养的海豚链球菌Tozj-1菌株进行测序分析，筛选差异表达基因，通过GO(Gene Ontology)数据库和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)数据库对差异表达基因进行GO功能和KEGG通路富集分析，然后利用VFDB(Virulence factor database)数据库筛选差异表达的重要毒力基因并使用实时荧光定量PCR进行验证。结果显示，海豚链球菌在35℃条件下有更快的生长速度和更强的毒力；转录组共筛选获得927个显著差异表达基因（P<0.05），其中包括820个上调基因和107个下调基因；GO功能富集分析发现，差异基因主要富集在代谢、细胞、催化及结合过程；KEGG富集分析发现，差异基因主要富集在核糖体通路、ABC转运通路、群体感应等信号通路。以上结果表明温度调控海豚链球菌基因的转录表达及相关通路的富集，为后续海豚链球菌致病机理的研究提供数据支持。