荔枝GRF基因家族的全基因组鉴定及表达分析

摘要

为揭示荔枝（Litchi chinensis）GFR基因的功能，对荔枝生长调控因子（LcGRF）基因家族进行了全基因组鉴定和分析，并研究其在荔枝中的表达模式。基于荔枝基因组数据库，使用生物信息学软件对LcGRFs家族成员进行全基因组鉴定，分析基本理化性质、染色体定位、基因结构、进化关系、蛋白保守基序、顺式作用元件和时空表达情况进行系统分析。共获得12个GRF基因，不均匀地分布在10条染色体上，内含子2～5个。蛋白保守基序分析发现，荔枝GRF蛋白均含有保守的motif1(WRC)和motif2(QLQ)，进化分析LcGRF划分为5个亚家族，LcGRFs启动子上存在大量的光、植物激素、非生物胁迫响应以及生长发育相关的顺式作用元件。不同转录组表达模式结果显示，各个组织中呈现出多样化的表达特征，表明不同成员可能在荔枝不同生长发育过程中发挥调控作用，参与调节荔枝的生长发育。研究显示，荔枝GRF家族成员有12个，划分为5个亚家族。

关键词

荔枝 / 生长调控因子 / 生物信息 / 表达模式

基金资助

海南省自然科学基金项目（321MS077）; 国家重点研发计划项目（2019YFD1000900）; 中央级公益性科研院所基本科研业务专项（1630042022004,1630062023017）; 国家荔枝龙眼产业技术体系项目（CARS-32-20）