基于BSA-seq对一个水稻类病斑基因的初步定位

摘要

类病斑突变体（lesion mimic mutants, LMM）在植物免疫和生长发育研究中具有重要意义。本研究旨在通过BSA-seq(bulked segregant analysis sequencing)技术对1个水稻类病斑基因进行初步定位。首先，从籼稻(Oryza sativa ssp.)品种‘黄华占’（‘HHZ’）经EMS诱变后的群体中筛选出1个出现类病斑症状的突变体LMM43，通过LMM43与野生型亲本杂交后得到的F2代分离群体进行表型分析，确定类病斑性状的遗传模式。利用BSA-seq技术，对类病斑表型的个体和正常个体的DNA混合样本进行高通量测序。通过关联分析单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism, SNP）及插入缺失（insertion and deletion, InDel）的差异结合表现型分析，将目标基因初步定位在水稻第10号染色体的一段区间内，该区间长度约为1.37 Mb，包含199个基因，最终确定了5个候选基因。

关键词

水稻 / 类病斑 / 抗病性 / BSA-seq