基于分子对接技术探究余甘子多酚与衰老相关神经退行性疾病基因的潜在作用

摘要

目的 利用分子对接技术探究余甘子多酚与衰老相关神经退行性疾病基因的相互作用。方法从PDB数据库获取乙酰胆碱酯酶（AchE）、丁酰胆碱酯酶（BchE）和单胺氧化酶（MAO）受体结构文件，以及从pubchem数据库获取余甘子中11种多酚物质的结构文件，并使用Openbabel进行文件格式的转换，通过Autodock软件将所选受体与配体进行对接，用Pymol将其对接能、对接位点和对接方式进行可视化分析。结果11种余甘子多酚中，肉桂酸、没食子儿茶素、山奈酚、鞣花酸和槲皮素与AchE,BchE和MAO均具有较为突出的结合活性，并通过形成氢键的方式结合。山奈酚与3个蛋白受体的结合最为紧密，其与AchE的对接键能是-6.53 kcal·mol^-1，与BchE的对接键能是-5.14 kcal·mol^-1，与MAO的对接键能是-5.48 kcal·mol^-1；没食子儿茶素与3个蛋白受体形成的氢键数都较多，其与AChE形成8个氢键，与BChE形成5个氢键，与MAO形成5个氢键。结论余甘子多酚治疗神经退行性疾病的生物活性可能来自于其与AchE,BchE和MAO的氢键结合。

关键词

余甘子 / 多酚 / 分子对接 / 神经退行性疾病