生物信息学法鉴定氧诱导视网膜病变中乳酸代谢相关基因及其验证

摘要

目的 筛选与早产儿视网膜病变（ROP）相关的乳酸代谢相关基因，探讨其在ROP发病和进展机制中的作用。方法 从氧诱导视网膜病变（OIR）小鼠模型GSE158799数据集（包含来自3只P17＿OIR小鼠和3只P30＿OIR小鼠的284个基因）中鉴定与ROP相关的乳酸代谢相关基因（LMRGs）。通过生物信息学分析，揭示LMRGs的相互作用、富集通路和免疫细胞浸润，并预测它们的功能和内在机制。将24只小鼠随机分为对照组与模型组，每组12只，建立OIR小鼠模型，采用qRT-PCR验证表达显著上调的基因。结果 鉴定出40个潜在的与ROP相关的LMRGs，对其进行蛋白质–蛋白质相互作用（PPI）分析和Spearman相关性分析；京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析和基因本体论（GO）富集分析显示，其主要参与新生血管形成相关的生物学功能及通路；基因集富集分析（GSEA）与KEGG和GO分析结果一致；筛选出的LMRGs在25种免疫细胞中，有7种免疫细胞的表达存在显著差异。qRT-PCR验证模型组中差异表达的LMRGs，结果表明GAA、SLC25A10、SLC25A4、HPDL、POGMGNT和SURF1的表达水平显著增加（P<0.05）。结论 LMRGs可能通过调节乳酸代谢来影响代谢和免疫，从而诱导ROP的发生。

关键词

乳酸代谢 / 免疫学 / 分子生物 / 生物信息学 / 动物,实验 / 小鼠