基于免疫相关特征的三阴性乳腺癌预后生物标志物的价值分析

摘要

目的 探讨免疫和基质细胞相关基因对三阴性乳腺癌（triple-negative breast cancer, TNBC）预后的影响。方法 利用ESTIMATE算法计算GEO数据库中TNBC样本的免疫评分，使用R包中的limma包筛选差异表达基因。GEO数据库和KM-plotter网站进行生存分析，寻找与TNBC无病生存期显著相关的基因。通过免疫组织化学染色和RT-qPCR验证其中部分基因的表达水平。结果 功能富集和蛋白-蛋白相互作用网络分析显示这些基因主要参与免疫应答。R包中survival包生存分析显示，36个基因中有14个基因与TNBC的DFS显著相关。Cox-LASSO分析筛选出4个与TNBC预后相关的基因。时间依赖的受试者工作特征分析显示，1年生存率的曲线下面积(area under the curve, AUC)为0.95，表明4个基因具有很好的预后预测能力。结论 含杆状病毒IAP重复3 (baculoviral IAP repeat containing 3, BIRC3)基因、CD8抗原(CD8 antigen, CD8A)基因、颗粒溶素(granulysin, GNLY)基因和含三方基序22(tripartite motif containing 22, TRIM22)基因这4个基因可能与TNBC的免疫微环境相关，是TNBC潜在的预后和治疗标志物。

关键词

三阴性乳腺癌 / 肿瘤微环境 / 免疫评分 / 无病生存期

基金资助

国家自然科学基金项目（42125707,41931291,82273403,81902882）; 中国医学科学院中央级公益性科研院所基本科研业务费专项资金项目（2019PT310027,2021-RC310-006）;中国医学科学院医学科学创新基金项目（2021-I2M-1-018）