基于生物信息学分析LMNB2在胃癌中的表达及其与肿瘤微环境的关系

摘要

目的：近年来，肿瘤微环境在恶性肿瘤中的作用受到广泛关注，但胃癌与肿瘤微环境的关系尚不完全清楚。本研究旨在探讨核纤层蛋白B2（nuclear lamina protein B2,LMNB2）在胃癌中的表达及其与肿瘤微环境的关系。方法：通过癌症基因组图谱（The Cancer Genome Atlas,TCGA）分析LMNB2基因在胃癌组织及正常胃黏膜组织中的表达差异。收集92例手术切除的胃癌及相应癌旁5 cm以上的胃黏膜组织标本，采用免疫组织化学方法检测其中LMNB2的表达情况，并分析LMNB2的表达水平与胃癌患者临床病理特征之间的关系。运用Kaplan-Meier生存曲线分析LMNB2表达水平与胃癌生存预后的关系。通过R软件和TISIDB（an integrated repository portal for tumor-immune system interactions）数据库对目标基因进行基因本体（Gene Ontology,GO）和京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG）富集分析，并分析其与肿瘤免疫特征之间的相关性。基于CIBERSORT（Cell-type Identification by Estimating Relative Subsets of RNA Transcripts）算法进行LMNB2表达与免疫细胞浸润水平相关性预测，评价LMNB2表达水平对肿瘤微环境的影响。结果：TCGA数据库分析显示：胃癌组织中的LMNB2基因表达水平较正常胃黏膜组织明显增高（P<0.001）。LMNB2的表达水平与胃癌患者的淋巴结转移、肿瘤浸润深度、TNM分期及远处转移均有关（均P<0.05），与患者性别、年龄、肿瘤大小等无关（均P>0.05）。Kaplan-Meier生存曲线显示：LMNB2表达阳性患者总体生存时间较LMNB2阴性患者显著缩短（P<0.001）。LMNB2差异基因主要集中富集在体液免疫反应的调节等过程。此外LMNB2差异基因的表达与M0型巨噬细胞、CD4⁺记忆T细胞等免疫细胞浸润水平均呈正相关（均P<0.05）。结论：LMNB2在胃癌组织中呈高表达，与患者预后生存不良相关，LMNB2与胃癌预后和免疫微环境高度相关，有望成为胃癌免疫治疗的潜在生物标志物。

关键词

胃癌 / 核纤层蛋白B2 / 生物信息学分析 / 临床病理 / 肿瘤微环境