基于生物信息学探讨TAP1在胃腺癌中的表达及其意义

摘要

目的：抗原处理相关转运蛋白1（transporter associated with antigen processing 1,TAP1）与自身免疫性疾病、自身炎症性疾病和癌症等多种疾病关系密切，但其与胃腺癌的关系尚不明确。本研究旨在探讨胃腺癌中TAP1的表达及其意义。方法：通过基因型-组织表达（genotype-tissue expression,GTEx）、癌症基因组图谱（The Cancer Genome Atlas,TCGA）数据库及免疫组织化学方法检测TAP1在胃腺癌中的表达并分析其与病理参数的相关性，使用R软件pROC包进行受试者操作特征（receiver operating characteristic,ROC）曲线分析；使用Kaplan-Meier Plotter在线分析网站探讨TAP1与胃腺癌预后的相关性；使用肿瘤免疫估算工具（tumor immune estimation resourse,TIMER）分析TAP1与免疫细胞浸润之间的相关性；在基因表达谱互动分析（Gene Expression Profiling Interactive Analysis,GEPIA）数据库中筛选胃腺癌前100个与TAP1共表达相关的基因，进行基因本体（Gene Ontology,GO）和京都基因和基因组数据库（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG）富集分析。结果：与正常组织相比，胃腺癌组织中TAP1蛋白和mRNA表达水平均显著上调（均P<0.05）。诊断ROC曲线显示曲线下面积（area under the curve,AUC）为0.826。TAP1的表达水平与胃腺癌患者的肿瘤分级有关（P<0.01），与病理分期、年龄均无关（均P>0.05）。Kaplan-Meier生存曲线显示TAP1高表达患者总生存期、无进展生存期较低表达患者均延长（均P<0.05）。富集分析显示TAP1表达与T细胞受体结合、主要组织相容性复合物（major histocompatibility complex,MHC）蛋白生成、抗原加工与提呈等过程密切相关。免疫微环境中CD4⁺T淋巴细胞等细胞浸润及免疫检查点基因的表达与TAP1的表达水平均呈正相关（均P<0.05）。结论：TAP1在胃腺癌中高表达，具有较好的诊断效能，与较好的胃腺癌预后相关。TAP1可能参与T细胞受体结合、抗原加工与提呈等生物学过程，并且与多种免疫细胞浸润高度相关。

关键词

胃腺癌 / 预后标志物 / 免疫浸润 / 抗原处理相关转运蛋白1 / 生物信息学 / 基因富集分析