BioMGE——一个用于采集和分析生物医用材料和多组学数据的数据库

摘要

随着机器学习技术的发展，生物医用材料的科学研究也逐渐走向数据驱动，利用生物测序技术来测试生物医用材料的生物功能，需要对生物医用材料进行进一步优化.因此，一个开放、共享的基础设施来存储来自不同研究领域的异构科学数据是多学科交叉联合分析的基石.本文介绍了BioMGE，一个基于灵活的自定义平台NMDMS（国家材料数据管理与服务平台）实现的数据库建设案例，用于收集生物医用材料和多组学测序数据. NMDMS的动态容器框架允许用户定义个性化的数据提交模式，存储来自生物医用材料和多组学研究领域的数据.自2019年以来，BioMGE已收集了1547100个生物医用材料和多组学数据集. BioMGE提供了数据导出接口，方便用户直接导出数据以进行数据分析.以组学数据可视化为例，提供BioMGE-viewer模块以实现对生物染色质结构数据从一维到三维的数据可视化.该数据库可为其他跨领域研究的数据共享提供了新的思路和平台.

关键词

生物医用材料 / 多组学 / 动态容器数据库 / 异构数据存储 / 可视化

基金资助

国家自然科学基金资助项目（61971031,31871343）; 中国博士后科学基金资助项目（2023M740219）; 国家资助博士后研究人员计划资助项目（GZC20230239）; 国家重点研发计划资助项目（2018YFB0704300）; 佛山市高等教育高层次人才资助项目（BKBS202203）; 北京科技大学顺德研究生院科技创新基金项目（BK20BF009）; 中国科学院医学科学创新基金资助项目（2020-RC310-009）