膝关节骨性关节炎核心基因和关键通路的鉴别

摘要

目的通过分析膝关节骨性关节炎(KOA)患者半月板的基因表达变化,探究骨关节炎发病机制中的核心基因和关键信号通路。方法在GEO数据库下载mRNA表达数据集GSE45233,然后将基因芯片中因KOA和因外伤行半月板切除的患者组织样本分为KOA组和非KOA组,对2组的基因芯片数据进行差异表达基因(DEGs)的筛选。对得到的DEGs进行基因功能注释和信号通路富集分析。构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,并且对PPI网络进行核心模块筛选和信号通路富集分析,以找出与KOA相关的核心基因的关键信号通路。结果信号通路富集显示甲状旁腺激素合成、分泌与激活及黏着斑、PPAR信号通路、趋化因子信号通路和白细胞介素17信号通路可能与KOA的发病机制密切相关。通过PPI网络得到10个可能参与KOA的潜在核心基因BDNF、SNAP25、CREB1、FPR2、FYN、RTP3、IL2、OPRM1、ADCY8和ADCY5,它们可能成为未来KOA治疗药物的候选基因。结论本研究首次鉴定出了可能与KOA相关的关键信号通路,筛选出了10个候选核心基因,为KOA的基因治疗提供了新的靶点和途径。

关键词

基因芯片 / 骨性关节炎 / 半月板