田鼠巴贝虫GAPDH蛋白特性和抗原表位的生物信息学分析

摘要

目的 分析田鼠巴贝虫3-磷酸甘油醛脱氢酶（BmGAPDH）的蛋白特性和抗原表位。方法 运用ORF Finder、PROSITE、ProtParam、SignalP、TMHMM Server、SOUSI、MotifScan、Bcepred、HNN等生物信息学软件分析预测BmGAPDH基因的开放阅读框和编码蛋白的特征结构域、理化性质、信号肽、跨膜结构域、稳定性、可溶性、翻译后修饰位点、亲水性、柔韧性、表面可及性、二级结构等特性；同时结合DNAStar和SWISS-MODEL软件分别预测蛋白的抗原表位和三维空间结构。结果 BmGAPDH由1 074个核苷酸编码的357个氨基酸组成，其特征结构域位于170-177位氨基酸残基。编码蛋白相对分子质量为3.833 309×10～4,分子式为C₁₇₀₀H₂₇₂₃N₄₅₇O₅₁₄S₁₇,理论等电点为6.98,不存在信号肽，有1个跨膜区，23个翻译后修饰位点，6个亲水性参数得分≥1.9的区域，3个柔韧性参数得分≥2.0的区域，10个表面可及性参数得分≥1.9的区域，8个潜在的B细胞抗原表位，19个潜在的T细胞抗原表位，在溶液中性质稳定，且为疏水性蛋白。BmGAPDH蛋白和人类的GAPDH蛋白序列覆盖率为56%,相似性为70%。结论 BmGAPDH含有多种抗原表位，且含量丰富，具有成为巴贝虫病疫苗候选抗原的潜在特性。

关键词

田鼠巴贝虫 / 3-磷酸甘油醛脱氢酶 / 生物信息学分析 / 蛋白特性 / 抗原表位