西藏中部地区散养牦牛和绵羊细粒棘球绦虫cox1和nad1的多态性

摘要

目的 分析西藏中部地区散养牦牛和绵羊细粒棘球绦虫cox1、nad1的基因多态性。方法 采集西藏中部地区45份散养牦牛和绵羊细粒棘球蚴包囊，提取包囊生发层DNA，根据细粒棘球蚴线粒体cox1、nad1基因序列设计扩增的引物序列，用PCR技术扩增线粒体cox1、nad1基因片段，将扩增产物做琼脂糖凝胶电泳并测序；利用MEGA11.0软件做cox1、nad1序列特征与同源性比对，并构建系统进化树；运用DnaSP 5.0软件计算序列单倍型数量（H），分析核苷酸多样性（Pi）、单倍体型多样性（Hd）特性；利用Network软件为cox1、nad1基因的所有单倍体构建单倍体网络图，判断西藏中部地区散养牦牛和绵羊的主要单倍型。结果 （1）cox1、nad1序列长度分别为925、839bp。（2）在cox1序列中，A、T、G、C碱基的平均含量分别为32.6%、33.1%、17.4%、16.9%；而nad1序列中，A、T、G、C碱基的平均含量为19.5%、47.6%、25.5%、7.4%；同源性分析结果显示，cox1序列之间的同源性为99.6%～100.0%,nad1序列之间的同源性为98.1%～100.0%；西藏中部地区散养牦牛和绵羊细粒棘球绦虫基因型为G1、G3、G6。（3）cox1、nad1单倍型个数分别为19个、7个，Hd、Pi分别为0.89600、0.56000和0.36500、0.00060。（4）单倍型网络图显示，Hc-2、Hc-12、Hn-1为西藏中部地区散养牦牛和绵羊的主要单倍型。结论 西藏中部地区散养牦牛和绵羊细粒棘球绦虫基因型为G1、G3、G6,G1是主要基因型。上述结论为探明西藏中部地区细粒棘球蚴的分型和病原体遗传演化的情况提供了参考依据。

关键词

西藏 / 散养 / 牦牛 / 绵羊 / 细粒棘球绦虫 / cox1 / nad1 / 基因 / 多态性