基于生物信息学方法和动物实验方法获取多房棘球蚴病组蛋白H3K4ME1的生物学功能和信号通路信息

摘要

目的 基于生物信息学方法和动物实验方法获取多房棘球蚴病组蛋白H3K4ME1的生物学功能和信号通路信息。方法 1.提取冻存组织细胞核。2.构建cut&tag文库。3.分析生物信息：1）评估多房棘球蚴病组蛋白H3K4ME1的测序数据；2）确定reads在基因组上的分布；3）分析单个样本富集区间信息；4）分析peak转录因子；5）分析与Peak关联基因的GO功能富集、KEGG通路富集情况；6）分析差异关联基因基本情况；7）分析差异关联基因的GO功能富集情况；8）分析差异关联基因的KEGG通路富集情况。结果 1.提取冻存组织细胞核：在显微镜下观察到细胞核计数>100 000，表示细胞核提取成功。2.测序文库构建后，用qubit软件检查测序文库，结果显示合格。3.生物信息分析结果：1）实验组与参考基因库之间的数据相似程度>98%（测序数据良好），可进行下一步检测；2）多房棘球蚴病组和健康小鼠组的reads在TSS明显起峰；3）通过单个样本的富集，筛选出显著性Peak;4）与peak关联的转录因子主要集中在zf-C2H2、Homeobox和BHLH等；5）与Peak关联基因的GO功能主要富集在细胞蛋白大分子定位、细胞发育调节、解剖结构形态调控等生物学过程，与peak关联基因的KEGG通路主要富集在MAPK、cGMP-PKG、Hippo等信号通路；6）多房棘球蚴病组与健康小鼠组的组蛋白H3K4ME1存在5 547个差异关联基因，其中上调基因2556个、下调基因2 929个；7）组蛋白H3K4ME1差异关联基因GO功能富集分析的生物过程主要有细胞投射组织的正向调节、GTPase的活性调节等，细胞组分主要有细胞投影膜、突触等，分子功能主要有肌动蛋白结合、细胞黏附分子结合等；8）组蛋白H3K4ME1差异关联基因KEGG通路富集分析主要分布在MAPK、Wnt、Rap1等信号通路上。结论 获得了多房棘球蚴病组蛋白H3K4ME1的生物学功能和信号通路信息。

关键词

多房棘球蚴病 / 组蛋白H3K4ME1 / 生物学 / 信号通路